Skirtumas tarp BLAST ir FastA

pagrindinis skirtumas tarp BLAST ir FastA yra tai BLAST yra pagrindinis suderinimo įrankis, kurį galima rasti Nacionaliniame biotechnologijų informacijos tinklalapyje, o „FastA“ yra panašumo paieškos įrankis, prieinamas Europos bioinformatikos instituto svetainėje.

BLAST ir FastA yra dvi programinės įrangos, plačiai naudojamos norint palyginti skirtingų rūšių DNR, aminorūgščių, baltymų ir nukleotidų biologines sekas ir ieškoti jų panašumų. Šie algoritmai buvo parašyti atsižvelgiant į greitį. Nes kai devintojo dešimtmečio viduryje mokslininkams pavyko išskirti DNR laboratorijoje, iškilo poreikis palyginti ir rasti identiškus genus tolimesniems tyrimams dideliu greičiu. Taigi šios dvi programinės įrangos buvo sukurtos taip, kad vartotojas galėtų greitai ieškoti panašių sekų su jų užklausų sekomis..

BLAST yra santrumpa Pagrindinis vietinio suderinimo paieškos įrankis ir, palygindamas dvi sekas, naudoja lokalizuotą metodą. „FastA“ yra programinė įranga, nukreipianti į greitąją A, kur A reiškia visus. Čia programinė įranga veikia su abėcėlėmis, tokiomis kaip „Fast A“ DNR sekai nustatyti ir „Fast P“ baltymams. Tiek BLAST, tiek „FastA“ labai greitai lygina bet kurią genomo duomenų bazę, todėl yra labai perspektyvi piniginiu požiūriu ir taupo laiką..

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra BLASTAS
3. Kas yra „FastA“
4. BLAST ir FastA panašumai
5. Lyginimas iš šono - lentelės forma „BLAST vs FastA“
6. Santrauka

Kas yra BLAST?

BLAST yra viena iš plačiausiai naudojamų bioinformatikos programinės įrangos, sukurta 1990 m. Nuo to laiko ji yra prieinama visiems NCBI svetainėje. Be to, bet kuris asmuo gali naudotis šia programine įranga ir ja naudotis. Be to, BLAST yra programinė įranga, kuriai reikia įvesties duomenų ar sekų „FastA“ formatu. Bet tai teikia išvestinius duomenis paprasto teksto, HTML arba XML formatu. BLAST veikia ieškodamas lokalių panašumų tarp dviejų sekų ir pateikdamas trumpą panašių sekų sąrašą, o po to ieško kaimynystės panašumų.

01 paveikslas: BLAST rezultatai

Taigi ši programinė įranga ieško daug panašių vietinių regionų ir pateikia rezultatą pasiekus ribinę vertę. Tačiau šis procesas skiriasi nuo ankstesnės programinės įrangos, kurioje pirmiausia ieškoma visos sekos, o tada atliekamas palyginimas, taigi, prireikė daug laiko.

Be aukščiau aprašyto panašumo patikrinimo, BLAST turi ir daugybę kitų panaudojimo būdų, tokių kaip DNR atvaizdavimas, dviejų rūšių identiškų genų palyginimas skirtingose ​​rūšyse, filogenetinio medžio sukūrimas ir kt..

Kas yra „FastA“?

„FastA“ yra baltymų sekų suderinimo programinė įranga. Davidas J. Lipmanas ir Williamas R. Pearsonas aprašė šią programinę įrangą 1985 m. Nors iš pradžių šia programine įranga buvo siekiama lyginti tik baltymų sekas, modifikuota jos versija taip pat galėjo palyginti DNR sekas. Ši programinė įranga naudoja statistiškai dviejų sekų panašumo radimo principą. Tai suderina vieną DNR arba baltymo seką su kita seka vietinės sekos derinimo metodu.

02 paveikslas: „FastA“

Tačiau jis ieško vietinių regionų panašumo, bet ne pats geriausias atitikimas tarp dviejų sekų. Kadangi ši programinė įranga kartais lygina lokalizuotus panašumus, gali kilti ir neatitikimų. Iš eilės „FastA“ užima nedidelę dalį, vadinamą „k-tuples“, kur tuples gali būti nuo 1 iki 6 ir sutampa su kitos sekos k-tuples. Atitikimo proceso pabaigoje, pasiekus ribinę vertę, gaunamas rezultatas.

Kokie yra BLAST ir FastA panašumai?

• „BLAST“ ir „FastA“ yra bioinformatikos įrankiai, naudojami baltymų ir DNR sekų palyginimui palyginti.
• Be to, abi programos naudoja taškų nustatymo strategiją, kad galėtų lyginti sekas.
• Be to, abi priemonės teikia labai tikslius rezultatus.

Kuo skiriasi BLAST ir FastA??

BLAST yra įrankis patikrinti biologinių sekų panašumą. Kita vertus, „FastA“ yra dar viena programa, palengvinanti baltymų ir DNR sekų panašumo patikrinimą. Tačiau, palyginti su „FastA“, BLAST programinė įranga yra labai populiari, nes ji pateikia tikslesnius ir greitesnius rezultatus. Taigi, tai yra skirtumas tarp BLAST ir FastA. Be to, skirtingai nei „FastA“, programą BLAST galima modifikuoti atsižvelgiant į vartotojo poreikį. Todėl tai yra dar vienas skirtumas tarp BLAST ir FastA.

Žemiau esantis infografika apie skirtumą tarp BLAST ir FastA pateikia daugiau informacijos.

Santrauka - BLAST vs FastA

„BLAST“ ir „FastA“ yra dvi programos, leidžiančios vartotojui palyginti savo užklausų sekas su esamų duomenų bazių sekomis ir patikrinti panašumus. Pradinis „FastA“ tikslas buvo palyginti tik baltymų sekas. Tačiau pakeista šios programinės įrangos versija palengvina baltymų ir DNR sekų palyginimą. Nors „FastA“ yra gera programinė įranga, dauguma žmonių naudoja BLAST derinimo įrankį, nes jis yra populiaresnis ir duoda tikslesnius ir greitesnius rezultatus nei „FastA“. Taip pat BLAST įrankį galima modifikuoti atsižvelgiant į vartotojo reikalavimus. Trumpai apibendrinant skirtumą tarp BLAST ir FastA.

Nuoroda:

1.Maddenas, Tomas. „BLAST sekų analizės įrankis“. Dabartinės neurologijos ir neuromokslų ataskaitos., JAV Nacionalinė medicinos biblioteka, 2013 m. Kovo 15 d. Galima rasti čia 

Vaizdo mandagumas:

1. „CCDC132 sprogdinimo rezultatai“ pateikė „NCBI Blast“ - „NCBI Blast“ (viešasis domenas) per „Commons Wikimedia“  
2. „FAM149A rėmėjų regionas (FASTA formatas)“, pateikė LarsonGCD - Savo darbas, (CC BY-SA 3.0) per „Commons Wikimedia“