Skirtumas tarp DNR ir RNR ekstrahavimo

Pagrindinis skirtumas - DNR ir RNR ekstrahavimas
 

DNR ir RNR tyrimas yra gyvybiškai svarbūs aspektai, norint suprasti pagrindines molekulinės biologijos, biotechnologijų ir genetikos sąvokas. Šių tyrimų metu eksperimentinėms procedūroms atlikti būtina ekstrahuoti grynus DNR ir RNR mėginius. Pagrindinis skirtumas tarp DNR ir RNR ekstrahavimo yra tas DNR ekstrahavimo procesas grynina DNR, o RNR ekstrahavimas grynina RNR. DNR ekstrahavimo procesą sudaro trys skirtingi etapai: ląstelių lizė ir membranų lipidų bei baltymų katabolizmas, katabolitų sutraukimas koncentruotos druskos tirpalu ir DNR nusodinimas etanoliu. Trijų žingsnių procedūrą gali sudaryti du pasirenkami etapai. RNR gryninimo procesą sudaro keturi skirtingi etapai: guanidio tiocianato pridėjimas ląstelių lizei, baltymų denatūracija, įskaitant ribonukleazes, RNR atskyrimas pridedant chloroformo ir fenolio ir nuosėdų plovimas etanoliu..

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra DNR ekstrahavimas
3. Kas yra RNR ekstrahavimas
4. DNR ir RNR ekstrahavimo panašumai
5. Šalutinis palyginimas - DNR ir RNR ekstrahavimas lentelės pavidalu
6. Santrauka

Kas yra DNR ekstrahavimas?

DNR ekstrahavimas yra fizinis ir cheminis procesas, naudojamas DNR išvalyti iš mėginio. DNR gavyba yra svarbus aspektas molekulinės biologijos ir teismo medicinos mokslų kontekste. Procesą sudaro trys pagrindiniai etapai. Iš pradžių turėtų būti gautos dominančios ląstelės. Tada ląstelių lizė palengvėja, norint suardyti ląstelės membraną, kuri atveria ląstelę ir kartu su DNR atskleidžia citoplazmą. Lipidams iš ląstelės membranos lizuoti gali būti naudojamos paviršiaus aktyviosios medžiagos arba kiti plovikliai, o esantys baltymai yra katabolizuojami proteazių. Tai yra neprivalomas žingsnis. Kai ląstelė lizuojama, katabolizuotų molekulių sulipimą palengvina koncentruoti druskos tirpalai. Po to centrifuguojamas tirpalas, kuris atskiria šiukšlių gumulėlius nuo DNR. Šiame etape diferencijuota DNR sumaišoma su reagentais ir druskomis, naudojamomis ląstelių ciklo metu.

01 paveikslas: DNR ekstrahavimas

Norint jį toliau išgryninti, galima atlikti šiuos veiksmus. Vienas iš būdų yra nusodinimas etanoliu, kuris apima šalto etanolio maišymą su atskirtu DNR pavyzdžiu. DNR netirpsta alkoholyje ir dėl to susidaro nuosėdos dėl DNR molekulių agregacijos kartu. Į šį procesą pridedamas natrio acetatas, siekiant padidinti kritulių laipsnį padidinant jonų stiprumą. Be etanolio nusodinimo proceso, tam gali būti inicijuojamas ir fenolio-chloroformo ekstrahavimo procesas. Šiuo metodu fenolis denatūruoja mėginyje esančius baltymus. Centrifuguoti denatūruoti baltymai liks organinėje fazėje, o DNR molekulės, sumaišytos su chloroformu, bus vandeninėje fazėje. Chloroformas pašalins fenolio liekanas. Kai ekstrahavimas bus baigtas, DNR laikoma ištirpinta TE buferyje arba ypač gryname vandenyje.

Kas yra RNR ekstrahavimas?

RNR gryninimas yra procesas, kurio metu RNR yra išvaloma iš biologinio mėginio. Šis procesas yra sudėtingas dėl ribonukleazės buvimo ląstelėse ir audiniuose. Ribonukleazės fermentas turi savybę greitai skaidyti RNR. Cheminė ribonukleazių prigimtis yra nepaprastai stabili, todėl jas sunku inaktyvuoti. Neįmanoma neutralizuoti ribonukleazių. Kadangi šis fermentas yra visur ląstelėse ir audiniuose, yra sukurti specialūs metodai RNR ekstrakcijai. Iš daugelio metodų dažniausiai naudojamas ekstrahavimas guanidinio tiocinato-fenolio ir chloroformo metodu.

02 pav. RNR ekstrahavimas

Guanidinio tiocinato-fenolio-chloroformo ekstrahavimo metodas priklauso nuo centrifugavimo ir fazių atskyrimo. Centrifuguojamas mišinys susideda iš vandeninio mėginio ir vandenyje prisotinto tirpalo, kurį sudaro fenolis ir chloroformas. Po centrifugavimo tirpalas susideda iš viršutinės vandeninės fazės ir apatinės organinės fazės, esant neutralioms pH sąlygoms (pH 7-8). RNR yra vandeninėje fazėje. Organinę fazę paprastai sudaro baltymai, ištirpinti fenolyje, ir lipidai, ištirpinti chloroforme. Pridedamas chaotropinis agentas (molekulė, galinti nutraukti vandenilio ryšius tarp vandens molekulių); tai yra žinoma kaip guanidinio tiocianatas. Šis agentas turi galimybę denatūruoti baltymus, apimančius ribonukleazes, kurios gali skaidyti RNR ir dalyvauti ląstelių lizėje. Tai taip pat atskiria rRNR nuo ribosomų baltymų. Paskutinis RNR gryninimo žingsnis yra vandeninės fazės nusodinimas etanoliu. RNR taip pat gali būti išgryninta naudojant skystą azotą.

Kokie yra DNR ir RNR išskyrimo panašumai?

• Abiejuose ekstrahavimo procesuose naudojamos kenksmingos cheminės medžiagos, tokios kaip fenolis ir chloroformas.
• Centrifugavimas yra būtina abiejų procesų technika.
• Etanolis naudojamas nuosėdoms plauti ir išgrynintai DNR arba RNR gauti.

Kuo skiriasi DNR ir RNR išskyrimas?

DNR vs RNR ekstrahavimas
DNR ekstrahavimas yra procesas, kurio metu iš organizmo ar mėginio išskiriama DNR.	RNR ekstrahavimas yra procesas, kurio metu RNR ištraukiama iš mėginio.
Žingsniai
DNR ekstrahavimo procesą sudaro trys skirtingi etapai su dviem pasirenkamais etapais.	RNR ekstrahavimo procesą sudaro keturi skirtingi etapai.
Reagentai
DNR ekstrakcijai naudojamos aktyviosios paviršiaus medžiagos, proteazės (nebūtinai), alkoholis, chloroformas, fenolis, natrio acetatas.	RNR ekstrakcijai naudojami guanidio tiocianatas, chloroformas, fenolis, etanolis.

Santrauka - DNR palyginimas su RNR

DNR ir RNR gavyba yra gyvybiškai svarbūs eksperimentinių procedūrų, skirtų molekulinės biologijos, genetikos ir biotechnologijų tyrimams, aspektai. Abiejuose procesuose naudojami panašūs reagentai, tačiau ekstrahuojant RNR naudojamas specialus reagentas, žinomas kaip Guanidio tiocianatas, kuris sumažina ribonukleazių aktyvumą. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp DNR ir RNR ekstrahavimo.

Atsisiųskite DNR ir RNR ekstrahavimo PDF versiją

Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia. Skirtumas tarp DNR ir RNR išskyrimo

Nuoroda:

1. Chomczynski, P ir N Sacchi. „Vienos pakopos RNR išskyrimas rūgšties guanidinio tiocianato-fenolio-chloroformo ekstrakcijos būdu“. Analitinė biochemija., JAV Nacionalinė medicinos biblioteka, 1987 m. Balandžio mėn., Prieinama čia. Priimta 2017 m. Rugpjūčio 31 d
2. Hindawi. „DNR, RNR ir baltymų ekstrahavimas: praeitis ir dabartis“. „BioMed Research International“, Hindawi, 2009 m. Lapkričio 30 d., Galima rasti čia. Priimta 2017 m. Rugpjūčio 31 d.

Vaizdo mandagumas:

1. Mike Seyfang „DNR, išgauta iš avokado“, iš pradžių paskelbta „Flickr“ kaip sėkmė (CC BY 2.0) per „Commons Wikimedia“
2. „PhOH-CHCl3 gavyba“, autorius Squidonius (aptarimas) - Savas darbas (Originalus tekstas: savadarbis) (viešas domenas) per „Commons Wikimedia“