Skirtumas tarp Maxamo Gilberto ir Sangerio sekos

Pagrindinis skirtumas - Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing

Nukleotidai yra pagrindiniai DNR struktūriniai vienetai ir sudedamosios dalys. DNR molekulė sudaryta iš polinukleotidų grandinės. DNR yra keturi skirtingi nukleotidai. Šie nukleotidai yra sudaryti iš keturių skirtingų azotinių bazių, pavadinimų A (adeninas), G (guaninas), C (citozinas), T (timinas). Nukleotidų tvarka DNR molekulėje turi didelę reikšmę, nes ji užkoduoja svarbią genetinę informaciją organizmų augimui ir vystymuisi. DNR seka yra procesas, kuris nustato tikslią DNR nukleotidų seką. Yra skirtingi DNR sekos nustatymo metodai. Maksamo Gilberto sekos nustatymas ir Sangerio DNR sekos nustatymas yra du DNR sekos nustatymo metodai, priklausantys pirmosios kartos sekos nustatymui.. Maxamo Gilberto sekos nustatymo procedūra nustato bazinę seką chemiškai suskaidydama 5 'galu pažymėtus DNR fragmentus, pageidautina kiekviename iš keturių nukleotidų, ir gelio elektroforezėje. „Sanger“ sekos nustatymo procedūra nustato nukleotidų seką, susintetindama viengrandę DNR, naudodama DNR polimerazę ir dideoksinukleotidus bei gelinę elektroforezę. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp Maxamo Gilberto ir „Sanger Sequencing“.

TURINYS
1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra Maxamas Gilbertas
3. Kas yra „Sanger“ sekvenavimas
4. „Side by Side“ palyginimas - Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing
5. Santrauka

Kas yra Maxamas Gilbertas sekvenavimas?

Maksamo Gilberto sekos, dar žinomos kaip cheminio sekos nustatymo metodas, yra metodas, kuris buvo sukurtas nustatyti nukleotidų eiliškumą DNR. Šį metodą 1976 m. Pristatė Walteris Gilbertas ir Alanas Maxamas ir jis išpopuliarėjo, nes jį galima atlikti tiesiogiai naudojant išgrynintą DNR. Maksamo Gilberto metodas priklauso pirmosios kartos DNR sekai, ir tai buvo pirmasis sekos nustatymo metodas, plačiai naudojamas mokslininkų.

Pagrindinis šio metodo principas yra galutinai pažymėtų DNR fragmentų ribojimas konkrečiose bazėse specifinėms bazėms skirtomis cheminėmis medžiagomis ir sąlygomis, ir pažymėtų fragmentų atskyrimas elektroforezės būdu, kaip parodyta 01 paveiksle. Fragmentai yra atskirti pagal jų dydį ant gelis. Kadangi fragmentai yra paženklinti, DNR molekulės seką galima lengvai nustatyti.

Maksamo Gilberto metodu naudojamos bazėms būdingos cheminės medžiagos DNR suskaidymui tam tikrose bazėse. Atrankiniam purinų ir pirimidinų užpuolimui naudojami du įprasti chemikalai - dimetilsulfatas ir hidrazinas..

Maksamo Gilberto sekos nustatymo metodas atliekamas keliais etapais taip.

DNR sekos gryninimas restrikcijos endonukleazėmis
DNR fragmentų galų žymėjimas, pridedant radioaktyviųjų fosfatų
Pažymėtų fragmentų valymas iš nepaženklintų fragmentų geliniu elektroforeze
Pabaigoje pažymėtos DNR padalijama į keturis mėgintuvėlius ir atskirai apdorojama bazėms būdingomis cheminėmis medžiagomis
Kiekvieno vamzdelio turinio elektroforezė ant atskirų linijų ant gelio ir fragmentų atskyrimas pagal jų ilgį.
Fragmentų aptikimas autoradiografu.

01 paveikslas: Maksamo Gilberto sekos

Kas yra „Sanger“ sekvenavimas?

„Sanger Sequencing“ yra sekos sudarymo metodas, kurį 1977 m. Sukūrė Frederikas Sangeris ir jo kolegos, kad nustatytų nurodyto DNR fragmento bazinę seką. Jis taip pat žinomas kaip grandinės nutraukimo seka arba Dideoksi sekos nustatymo metodas. Šis metodas veikia DNR polimerazės būdu selektyviai sujungiant grandinę užbaigiančius dideoksinukleotidus (ddNTP), tokius kaip ddGTP, ddCTP, ddATP ir ddTTP, sintezuojant viengrandinę DNR, kad būtų nutrauktas grandinės susidarymas. Dideoksinukleotidams trūksta 3 ’OH grupių, kad būtų galima formuoti fosfodiesterinius ryšius su gretimais nukleotidais. Taigi, sruogų susidarymas sustoja, kai ddNTP yra įterpiamas į naujai formuojančią sruogą atliekant Sangerio seką.

Šiuo metodu keturios atskiros DNR sintezės reakcijos (PGR) yra atliekamos keturiuose atskiruose mėgintuvėliuose su vieno tipo ddNTP. Taip pat pateikiami kiti reikalavimai PGR mėgintuvėliams, įskaitant pradmenis, dNTP, Taq polimerazę, specifines sąlygas ir kt. Keturios atskiros reakcijos atliekamos keturiuose mėgintuvėliuose su keturiais mišiniais. Po PGR reakcijų gauti DNR fragmentai yra denatūruoti šiluma ir atskirti geliniu elektroforeze. Tada fragmentai vizualizuojami naudojant pažymėtą (radioaktyvų arba fluorescencinį) gruntą arba dNTP, kaip parodyta 02 paveiksle..

02 paveikslas: Sangerio sekos

Kuo skiriasi Maxamas Gilbertas ir Sangeris Sequencingas?

Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing
Maksamo Gilberto sekos nustatymas yra pirmasis metodas, sukurtas DNR sekai nustatyti.	Sangerio sekos nustatymo metodas buvo įvestas po Maxam Gilbert sekos sudarymo metodo.
Naudojimas
Šis metodas naudojamas retai.	„Sanger“ seka paprastai naudojama sekai.
Pavojingų cheminių medžiagų naudojimas
Tam naudojamos pavojingos cheminės medžiagos.	Pavojingų cheminių medžiagų naudojimas yra ribotas, palyginti su Maxamo Gilberto metodu.
Etiketė aptikimui
Šiuo metodu naudojamas radioaktyvusis P³² DNR fragmentų galų žymėjimui.	„Sanger“ seka naudojama naudojant radioaktyviai arba fluorescenciškai pažymėtus ddNTP.

Santrauka - Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing

Maksamas Gilbertas ir Sangeris sekos yra dviejų tipų DNR sekos nustatymo būdai, kuriems taikoma pirmosios kartos DNR sekos. Maksamo Gilberto sekos nustatymas yra pirmasis metodas, nustatytas DNR sekai nustatyti 1976 m., Ir jis atliekamas skaldant galutinai pažymėtus DNR fragmentus bazėms būdingomis cheminėmis medžiagomis. Taigi, jis yra žinomas kaip cheminis sekos nustatymas. „Sanger“ sekos nustatymo metodas buvo įvestas 1977 m. Ir yra pagrįstas ddNTP varomos grandinės nutraukimo reakcijomis. „Sanger“ sekos nustatymo metodas yra populiarus nei „Maxam Gilbert“ metodas dėl kelių Maxam Gilbert metodo trūkumų, tokių kaip per didelis laiko suvartojimas, pavojingų cheminių medžiagų naudojimas ir kt. Tai yra skirtumas tarp Maxam Gilbert ir Sanger sekos nustatymo..

Nuorodos:
1. „Maxam“, A. M ir Walteris Gilbertas. „Naujas DNR sekos nustatymo metodas.“ Nacionalinės mokslų akademijos leidiniai. National Acad Sciences, 1976 m. Gruodžio 9 d. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 30 d
2.Heather, James M. ir Benjamin Chain. „Sektorių seka: DNR sekos sudarymo istorija“. Genomika. „Academic Press“, 2016 m. Sausio mėn. Internetas. 2017 m. Kovo 30 d
3.Pareek, Chandra Shekhar, Rafal Smoczynski ir Andrzej Tretyn. „Sekavimo technologijos ir genomo sekvenavimas“. Taikomosios genetikos žurnalas. „Springer-Verlag“, 2011. lapkritis. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 30 d

Vaizdo mandagumas:
1. „Maxam gilbert“ sekvenavimas kelis kartus angliškoje Vikipedijoje (CC BY 3.0) per „Commons Wikimedia“
2. „Sanger“ sekos sudarymas, autorius Estevezj - Savas darbas (CC BY-SA 3.0) per „Commons Wikimedia“

Mokslas ir gamta