Metagenomikos ir metatranskriptikos skirtumas

pagrindinis skirtumas tarp metagenomikos ir metatranscriptomics priklauso nuo tiriamų biomolekulių tipo kiekvienoje srityje. Metagenomika tiria DNR, jos sekas ir elgesį su organizmais, o metatranskriptika tiria perrašytą DNR, daugiausia mRNR sekas ir jos elgesį organizmuose..

Metagenomika ir metatranskriptika yra dvi sritys, kurios bėgant metams įgijo didelį populiarumą mikrobų bendruomenės atžvilgiu. Jie yra svarbūs sveikatos priežiūros, pramonės ir žemės ūkio biotechnologijų srityse. Tiek metagenomika, tiek metatranskriptika leidžia ištirti atskirus organizmus bendruomenėje ir jų funkcinius vaidmenis, kurie yra naudingi arba kenksmingi.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra metagenomika 
3. Kas yra metatranskriptika
4. Metagenomikos ir metatranskriptikos panašumai
5. Šalutinis palyginimas - lentelių formos metagenomika ir metatranskriptika
6. Santrauka

Kas yra metagenomika?

Metagenomika yra tyrimo sritis, tirianti dezoksiribonukleorūgštį (DNR). Tai labiausiai aktuali mikrobų bendruomenei. Be to, palyginti su genomika, tai yra pažangesnė sritis. Genomikoje atliekama tam tikrų organizmų DNR analizė. Tačiau metagenomika apima genetinės medžiagos analizę visoje organizmų bendruomenėje. Taigi tai leidžia ištirti organizmų, priklausančių vienai ar kitai aplinkai, elgesį.

01 paveikslas: Metagenomika

Pagrindinė metagenomikos tyrimų metodika yra naujos kartos seka (NGS), kurioje naudojama mikrotraumų technologija. NGS metodai gali analizuoti kelis organizmus per vieną reakciją, ar nėra arba nėra specifinių DNR sekų. Šios DNR sekos gali būti atsakingos už vienos ligos ar aplinkos būklę. Taigi, naudojant metagenomines žinias, organizmų patikrinimas gali būti atliekamas lengvai ir tiksliai. Seka NGS metu vyksta trumpai ir yra organizmų DNR profiliavimas. 16-osios DNR seka yra populiari seka, tiriama metagenomikoje, susijusiuose su mikroorganizmais.

Atlikus sekų nustatymą organizmų bendruomenėje, sekos turėtų būti suderintos. Lygiavimo užduotims atlikti naudojami tokie įrankiai kaip „Basic Local Alignment Sequence“ įrankis (BLAST). Po suderinimo filogenetinis medis pateikia kiekvieno organizmo ryšį bendruomenėje ir jo elgesio detales.

Kas yra metatranskriptika?

Metatranskriptika yra tyrimo sritis, nagrinėjanti organizmo transkriptą. Transkriptas sudaro visas RNR sekas, transkribuotas DNR transkripcijos metu. Transkriptoje esančios mRNR sekos suteikia informacijos apie genetinę raišką. Metatranskriptika yra kelių transkriptų analizė populiacijose ar bendruomenėse.

02 pav.: Transkripto analizė

Metatranskriptikos tyrimuose taip pat naudojamos mikrotraumos technologijos, norint rasti trumpai perskaitytų sekų sekas. Be to, metatranskriptika taip pat apima kruopščią bioinformatikos analizę, naudojant derinimo įrankius ir medžių projektavimo metodus. Tačiau metatranskriptikos sritis yra daug sunkesnė, palyginti su metagenomika. MRNR ar visos RNR išgauti nėra taip paprasta, kaip atrodo. Kadangi RNR yra labai linkusi sunaikinti ir turi labai trumpą gyvenimo laiką, jų priežiūra ir saugojimas galėtų būti įmanoma užklausa.

Kokie yra metagenomikos ir metatranskriptikos panašumai?

• Metagenomika ir metatranskriptika yra didelio našumo metodai organizmų, daugiausia mikrobų, bendruomenėms analizuoti.
• Abiejuose metoduose išvadoms nustatyti naudojama mikrotraumų technologija.
• Gauti rezultatai dažnai analizuojami naudojant BLAST derinimą ir filogenetinius medžius.
• Be to, abi technologijos nėra nukreiptos į vieną organizmą, o į grupę ar bendruomenės organizmus.
• Be to, abi sąvokos taip pat tiriamos daugiausia dėl mikrobų - pagrindinė priežastis yra jų skirtingi vaidmenys.

Kuo skiriasi metagenomika ir metatranskriptika?

Metagenomika ir metatranskriptika apima genetinių medžiagų analizę organizmų bendruomenėje. Taigi metagenomika susijusi su DNR modeliais ir sekomis, o metatranskriptika - su mRNR arba perrašytos DNR analize. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp metagenomikos ir metatranscriptomics.

Be to, ekstrahavimo procedūra skiriasi abiem būdais; metagenomika apima DNR ekstrahavimo procedūras, o metatranscriptomics - RNR ekstrahavimo procedūras. Taigi tai taip pat yra reikšmingas skirtumas tarp metagenomikos ir metatranskriptikos.

Žemiau pateiktoje infografikoje apibendrinamas skirtumas tarp metagenomikos ir metatranscriptomics:

Santrauka - Metagenomika vs Metatranscriptomics

Metagenomika ir metatranskriptika yra naujos studijų sritys, analizuojančios organizmų bendriją tam tikrai būklei. Taigi metagenomika reiškia DNR sekų analizę. Priešingai, metatranskriptika reiškia RNR sekų ar perrašytų DNR produktų analizę. Šiuo atžvilgiu metatranskriptika leidžia identifikuoti genų ekspresiją konkrečiu atveju. Abi yra svarbios analizuojant mutacijas ir jų poveikį. Tai yra greiti ir patikimesni metodai, naudojami iš anksto diagnozuojant. Taigi, tai yra skirtumas tarp metagenomikos ir metatranscriptomics.

Nuoroda:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa ir kt. „Metagenomika, metatranskriptika ir metabolizmas metodai mikrobiomų analizei“. Evoliucinė bioinformatika internete, „LibertasAcademica“, 2016 m. Gegužės 12 d., Galima rasti čia.

Vaizdo mandagumas:

1. „pcbi.1002808.g001“ pagal „Phylogeny Figures“ (CC BY 2.0) per „Flickr“
2. „Transcriptome fig 3“, pateikė Danny556 (aptarimas) - pačių sukurtas (C BY-SA 3.0) per „Flickr“