Skirtumas tarp mikromatricos ir RNR sekos

Pagrindinis skirtumas - „Microarray vs RNR sekos
 

Transkriptas parodo visą RNR kiekį ląstelėje, įskaitant mRNR, rRNR, tRNR, suskaidytą RNR ir neskaidytą RNR. Transkripto profiliavimas yra svarbus procesas, norint suprasti ląstelių įžvalgas. Yra keletas pažengusių metodų, skirtų transkriptologiniam profiliavimui. Mikro matricos ir RNR sekos yra dviejų tipų technologijos, sukurtos analizuoti transkriptą. Pagrindinis skirtumas tarp mikrotraumos ir RNR sekos yra tas mikrotraumas yra pagrįstas iš anksto sukurtų paženklintų zondų su tikslinėmis cDNR sekomis hibridizacijos galimybėmis, o RNR sekos nustatymas grindžiamas tiesioginiu cDNR sruogų sekvenavimu pažangiais sekos nustatymo būdais, tokiais kaip NGS. Mikro matrica atliekama turint išankstinių žinių apie sekas, o RNR seka atliekama be išankstinių žinių apie sekas.

TURINYS
1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra „Microarray“
3. Kas yra RNR sekvenavimas
4. Šalutinis palyginimas - „Microarray“ ir RNR sekos
5. Santrauka

Kas yra „Microarray“?

„Microarray“ yra patikimas, patikimas ir didelio pralaidumo metodas, kurį mokslininkai naudoja transkripto profiliavimui. Tai yra populiariausias stenogramos analizės metodas. Tai nebrangus metodas, kuris priklauso nuo hibridizacijos zondo.

Metodas prasideda mRNR ištraukimu iš mėginio ir cDNR bibliotekos sukūrimu iš bendros RNR. Tada jis sumaišomas su fluorescenciniu etikete iš anksto sukurtais zondais ant kieto paviršiaus (taškinė matrica). Papildomos sekos hibridizuojasi su pažymėtais zondais mikrotraumoje. Tada mikropaveikslas nuplaunamas ir atrenkamas, vaizdas atvaizduojamas kiekybiškai. Surinkti duomenys turėtų būti analizuojami, norint gauti santykinius išraiškos profilius.

Manoma, kad mikrotrauminio zondo intensyvumas yra proporcingas mėginio nuorašų kiekiui. Tačiau technikos tikslumas priklauso nuo suprojektuotų zondų, išankstinių žinių apie seką ir zondų afiniteto hibridizacijai. Taigi mikro matricų technologija turi trūkumų. Mikro matricos technika negali būti atliekama naudojant mažai transkriptų. Nepavyksta diferencijuoti izoformų ir nustatyti genetinių variantų. Kadangi šis metodas priklauso nuo zondų hibridizacijos, mikrotraumos technikoje kyla tam tikrų su hibridizavimu susijusių problemų, tokių kaip kryžminė hibridizacija, nespecifinė hibridizacija ir kt..

01 paveikslas: Mikro matrica

Kas yra RNR sekvenavimas?

RNR šautuvų sekos nustatymas (RNR seq) yra neseniai sukurta visa transkriptų sekos sudarymo technika. Tai greitas ir didelis duomenų transkripcijos profiliavimo metodas. Tai tiesiogiai apskaičiuoja genų ekspresiją ir lemia gilų transkripto tyrimą. RNR seq nepriklauso nuo iš anksto sukurtų zondų ar išankstinių žinių apie sekas. Todėl RNR seq metodas yra labai jautrus ir pajėgus aptikti naujus genus ir genetinius variantus.

RNR sekos nustatymo metodas atliekamas keliais etapais. Visa ląstelės RNR turi būti išskirta ir suskaidyta. Tada, naudojant atvirkštinę transkriptazę, reikia paruošti cDNR biblioteką. Kiekviena cDNR grandinė turi būti sujungta su adapteriais. Tada surišti fragmentai turi būti sustiprinti ir išgryninti. Galiausiai naudojant NGS metodą, reikia atlikti cDNR seką.

02 paveikslas: RNR seka

Kuo skiriasi „Microarray“ ir RNR sekos?

Mikro matricos ir RNR sekos nustatymas
„Microarray“ yra patikimas, patikimas, didelio pralaidumo metodas.	RNR seka yra tikslus ir didelio pralaidumo metodas.
Kaina
Tai nebrangus metodas.	Tai brangus metodas.
Didelio mėginių skaičiaus analizė
Tai palengvina daugelio mėginių analizę vienu metu.	Tai palengvina daugelio mėginių analizę.
Duomenų analizė
Duomenų analizė yra sudėtinga.	Šis metodas sugeneruoja daugiau duomenų; taigi, procesas yra sudėtingesnis.
Išankstinės sekų žinios
Šis metodas pagrįstas hibridizacijos zondais, todėl reikia išankstinių žinių apie sekas.	Šis metodas nepriklauso nuo išankstinių žinių apie seką.
Struktūrinės variacijos ir romanai
Šis metodas negali aptikti struktūrinių variacijų ir naujų genų.	Šis metodas gali aptikti struktūrinius variantus, tokius kaip genų suliejimas, alternatyvūs sujungimai ir nauji genai.
Jautrumas
Tai negali aptikti izoformų išraiškos skirtumų, todėl to jautrumas yra ribotas.	Tai turi didelį jautrumą.
Rezultatas
Tai gali sukelti tik santykinius išraiškos lygius. Tai nesuteikia absoliučios genų raiškos kiekybinio įvertinimo.	Tai suteikia absoliutų ir santykinį išraiškos lygį.
Duomenų pakartotinė analizė
Tai reikia pakartoti, kad būtų galima atlikti naują analizę.	Sekavimo duomenis galima analizuoti iš naujo.
Konkretaus personalo ir infrastruktūros poreikis
Konkreti infrastruktūra ir personalas nėra būtinas mikro matricai.	Specifinė infrastruktūra ir darbuotojai, kuriems reikalinga RNR seka.
Techniniai nesklandumai
„Microarray“ technika turi tokių techninių problemų, kaip kryžminė hibridizacija, nespecifinė hibridizacija, ribotas atskirų zondų aptikimo greitis ir kt..	RNR seq metodu išvengiama techninių problemų, tokių kaip kryžminė hibridizacija, nespecifinė hibridizacija, ribotas atskirų zondų aptikimo dažnis ir kt..
Šališkumas
Tai yra šališkas metodas, nes jis priklauso nuo hibridizacijos.	Nuokrypis yra mažas, palyginti su mikrotraumu.

Santrauka - „Microarray vs RNR sekos

Mikro matricų ir RNR sekos nustatymo metodai yra didelės pralaidumo platformos, sukurtos transkriptų profiliavimui. Abu metodai suteikia rezultatus, kurie yra labai koreliuojami su genų ekspresijos profiliais. Tačiau RNR sekos nustatymas turi pranašumų, palyginti su mikrotrauma, atliekant genų ekspresijos analizę. RNR sekos nustatymas yra jautresnis metodas nustatyti mažo gausumo transkriptų nei mikro matricą. RNR seka taip pat leidžia atskirti izoformas ir identifikuoti genų variantus. Tačiau mikrotraumas yra dažnas tyrinėtojų pasirinkimas, nes RNR sekos nustatymas yra nauja ir brangi technika, turinti duomenų saugojimo iššūkius ir sudėtingą duomenų analizę..

Nuorodos:
1.Wangas, Zhongas, Markas Gersteinas ir Michaelas Snyderis. „RNA-Seq: revoliucinis transkriptikos įrankis“. Gamtos apžvalgos. Genetika. JAV nacionalinė medicinos biblioteka, 2009 m. Sausio mėn. Internetas. 2017 m. Kovo 14 d
2.Rogleris, Charlesas E., Tatjana Tchaikovskaya, Raquelis Norelis, Aldo Massimi, Christopheris Plescia, Eugenijus Rubashevsky, Paulius Siebertas ir Leslie E. Rogleris. „RNR ekspresijos mikrotraumai (REM) - didelio pralaidumo metodas genų ekspresijos skirtumams matuoti įvairiuose biologiniuose mėginiuose.“ Branduolinių rūgščių tyrimai. „Oxford University Press“, 2004 m. Sausio 1 d. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 15 d
3.Zhao, Shanrong, Wai-Ping Fung-Leung, Antonas Bittneris, Karen Ngo ir Xuejun Liu. „RNR-Seq ir mikrotraumų palyginimas aktyvuotų T ląstelių transkriptominiame profiliavime“. VIENAS. Viešoji mokslo biblioteka, 2014 m. Sausio mėn. Internetas. 2017 m. Kovo 15 d

Vaizdo mandagumas:
1. „Journal.pcbi.1004393.g002“, autoriai Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) per „Commons Wikimedia“.
2. Billas Bransonas („Fotografas“) - „Microarray“ - Nacionalinis vėžio institutas (viešas domenas) per „Commons Wikimedia“