Skirtumas tarp Nick vertimo ir Primer pratęsimo

Pagrindinis skirtumas - slapyvardžio vertimas prieš pradmenų pratęsimą
 

Slapyvardžio vertimas ir pradmens pratęsimas yra du svarbūs molekulinės biologijos metodai. Pagrindinis skirtumas tarp slapyvardžio vertimo ir pradmens pratęsimo yra tas slapyvardžio vertimo proceso metu gaunami pažymėti zondai kitoms hibridizacijos technikoms kol pradmens prailginimo metodas identifikuoja specifinę RNR seką iš mišinio ir atskleidžia informaciją apie mRNR raišką. Abu būdai turi didelę reikšmę ir yra reguliariai atliekami molekulinių tyrimų laboratorijose.

TURINYS
1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra Nicko vertimas
3. Kas yra grunto prailginimas
4. „Side by Side“ palyginimas - „Nick Translation vs Primer Extension“
5. Santrauka

Kas yra Nicko vertimas?

Nicko vertimas yra svarbi technika, naudojama žymėtiems zondams ruošti įvairiems molekuliniams biologiniams metodams, tokiems kaip blotinimas, savo vietoje hibridizacija, fluorescencinė savo vietoje hibridizavimas ir tt Tai yra in vitro DNR žymėjimo metodas. DNR zondai yra naudojami specifinėms DNR arba RNR sekoms identifikuoti. Pažymėto zondo pagalba iš sudėtingo nukleorūgšties mišinio galima pažymėti arba vizualizuoti specifinius fragmentus. Todėl žymimi zondai yra paruošiami naudojant įvairius metodus, kurie bus naudojami skirtingoms technikoms. Nicko vertimas yra vienas iš tokių metodų, pagal kurį DNaz 1 ir DNR polimerazės 1 fermentų pagalba gaunami pažymėti zondai.

Slapyvardžio vertimo procesas prasideda nuo DNaz 1 fermento aktyvumo. DNaz 1 įterpia įdubimus į dvigubos grandinės DNR fosfato stuburą, skaidydama fosfodiesterinius ryšius tarp nukleotidų. Sukūrus slapyvardį, bus gaunama nukleotido 3 'OH grupė ir DNR polimerazės 1 fermentas veiks jį. DNR polimerazės 1 eksonukleazės aktyvumas nuo 5 'iki 3' pašalina nukleotidus iš niko 3 'DNR grandinės kryptimi. Tuo pačiu metu DNR polimerazės 1 fermento polimerazės aktyvumas veikia ir prideda nukleotidus, kad pakeistų pašalintus nukleotidus. Jei nukleotidai buvo paženklinti, pakeitimas bus pažymėtais nukleotidais ir tai žymės DNR identifikavimui. Ši naujai susintetinta pažymėta DNR gali būti naudojama kaip zondai įvairiose molekulinės biologijos hibridizacijos reakcijose.

01 paveikslas: Slapyvardžio vertimo procesas

Kas yra grunto prailginimas?

Grunto prailginimas yra metodas, kuris naudojamas norint rasti specifinę RNR seką iš RNR mišinio ir nustatyti 5R galą mRNR nuoraše. Jis taip pat naudojamas RNR struktūrai ir raiškai tirti. Grunto prailginimo metodas atliekamas su paženklintais pradmenimis arba su paženklintais nukleotidais. Jei naudojami žymėti pradmenys, tai nereikalauja žymėti nukleotidų, kurie naudojami cDNR sintezei. Yra keli šios technikos žingsniai. Tai prasideda RNR ekstrahavimu iš mėginio. Tada į mišinį pridedamas paženklintas oligonukleotidinis pradmuo kartu su būtinais ingredientais specifinės RNR sekos cDNR sintezei. Grunto patepimas papildoma seka iš mišinio. Naudodamas grunto atkaitintą seką kaip šabloną, fermento atvirkštinė transkriptazė sintezuoja RNR sekos komplementarinę DNR (cDNR). Grunto atkaitinimas ir atvirkštinė transkripcija įvyksta tik tada, kai mėginyje yra specifinė RNR seka. Galiausiai, kai atliekamas denatūravimo gelio elektroforezė, galima nustatyti RNR sekos dydį. Taip pat grunto prailginimo metodu lengva rasti mRNR (transkripcijos inicijavimo vietos) sekos +1 bazę. Šiuo metodu galima nustatyti mRNR kiekį mėginyje, jei naudojamas grunto perteklius.

02 pav.: Grunto prailginimas

Kuo skiriasi „Nick Translation“ ir „Primer Extension“?

„Nick Translation vs Primer Extension“
Nicko vertimas yra procesas, kurio metu sukuriami paženklinti DNR zondai įvairioms hibridizacijos reakcijoms.	Grunto prailginimas yra metodas, naudojamas specifinei RNR surasti arba genų raiškai tirti.
Naudoti fermentai
Naudojami DNaz 1 ir DNR polimerazės fermentai.	Naudojamas atvirkštinis transkriptazės fermentas.
Svarba
Nicko vertimas palengvina specifinės DNR sekos žymėjimą.	Grunto prailginimas leidžia nustatyti specifinį mRNR sekos dydį ir kiekį mėginyje.

Santrauka - „Nick Translation vs Primer Extension“

Nicko vertimas yra metodas, naudojamas sintetinti paženklintus zondus, remiantis DNase 1 ir E coli DNR polimerazės 1 fermentai. Tai yra in vitro metodas, naudojamas laboratorijose prieš įvairius hibridizacijos metodus. Vardo vertimo metu, DNR 1 polimerazės 5'-3 'egzonukleazinis aktyvumas pašalina nukleotidus prieš pravardę, o 1 DNR polimerazės polimerazės aktyvumas pašalintus nukleotidus pakeičia paženklintais nukleotidais už niko. Grunto prailginimas yra metodas, naudojamas aptikti specifinį RNR nuorašą iš mišinio ir nustatyti norimos RNR dydį bei kiekį. Tai yra skirtumas tarp slapyvardžio vertimo ir pradmens pratęsimo.

Nuorodos
1. Reidas, Aleksas. „Slapyvardis vertimas“. Springeris. N.p., n.d. Žiniatinklis. 2017 m. Balandžio 18 d
2. „Grunto prailginimas“. Nacionalinė diagnostika. N.p., n.d. Žiniatinklis. 2017 m. Balandžio 19 d
3. Kuo, M. T. ir W. Plunkettas. „Metafazių chromosomų slaptasis vertimas: padidėjusio jautrumo nukleazėms chromosomų srityse ženklinimas in vitro“. Jungtinių Amerikos Valstijų nacionalinės mokslų akademijos leidiniai. JAV nacionalinė medicinos biblioteka, 1985 m. Vasaris. Žiniatinklis. 2017 m. Balandžio 19 d
4. Raymond et al. „Paprastas, kiekybinis pradinio prailginimo PGR tyrimas tiesioginiam mikroRNR ir trumpai trukdančių RNR stebėjimui.“ RNR. „RNA Society“, 2005 m. Autorinės teisės, 2005 m. Lapkritis. Žiniatinklis. 2017 m. Balandžio 19 d

Vaizdo mandagumas:
1. „Primer Extension Assay“ autorius Jjnmmnjj - Savas darbas (CC BY-SA 3.0) per „Commons Wikimedia“