Skirtumas tarp QTL ir GWAS

pagrindinis skirtumas tarp QTL ir GWAS priklauso nuo analizėje naudojamų sekų tipo. QTL naudoja jungiamųjų genų lokusus, kad analizuotų fenotipinius bruožus, susijusius su poligeno paveldėjimu, o GWAS naudoja ištisų genomų sekas sekos tam tikros būklės atskirų nukleotidų polimorfizmams analizuoti..

QTL žemėlapiai ir GWAS vaidina svarbų vaidmenį atliekant genetinius skirtingų bruožų tyrimus. Be to, jie yra svarbūs analizuojant įvairias ligos stadijas, kurių etiologija nežinoma. Be to, sekos vaidina svarbiausią vaidmenį abiejose technikose. Šie metodai gali būti dar labiau sujungti su kitais didelio našumo metodais, siekiant didesnio tikslumo ir tikslumo.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra QTL 
3. Kas yra GWAS
4. QTL ir GWAS panašumai
5. Šalutinis palyginimas - lentelės forma QTL vs GWAS
6. Santrauka

Kas yra QTL?

QTL reiškia Kiekybinis bruožo lokusas. Tai yra DNR sritis, susijusi su fenotipiniu bruožu. Paprastai QTL sukelia poligeninį poveikį. QTL pasiskirstymas skiriasi, o QTL skaičius rodo tam tikro fenotipinio bruožo kitimo laipsnį. Be to, jie paprastai koduoja nuolatinius bruožus, o ne atskirus bruožus.

Identifikavus QTL regionus, svarbu sekti tam tikrą QTL sritį. Be to, siekiant palengvinti tyrimus ir seką, sekos ir saugomi sekos duomenys iš bendrų QTL regionų vyksta dalyvaujant bioinformatikams. Šią techniką mes vadiname QTL žemėlapių sudarymu. Vėliau kaupiama duomenų bazė su QTL srities sekomis.

01 paveikslas: QTL nuskaitymas

Be to, QTL sekų taikymas daugiausia priklauso nuo BLAST įrankio, kuriame galima nustatyti sekų panašumą. Tai svarbu išardant ryšius tarp organizmų. Be to, tai svarbu nustatant tam tikro poligeninio fenotipo sudėtingumą. Tai taip pat lemia tam tikro bruožo evoliuciją.

Šiuo metu QTL analizė yra derinama su kitais didelio pralaidumo metodais, tokiais kaip DNR mikrotraumai. Tai svarbu analizuojant fenotipą. Šiuo metu mokslininkai yra labai suinteresuoti kurti QTL duomenų bazę, nes QTL regionai yra atsakingi už daugelį svarbių skirtingų rūšių bruožų.

Kas yra GWAS?

GWAS reiškia Genomo plačios asociacijos tyrimas. Tai taip pat nurodo viso genomo asociacijos tyrimus. Šie tyrimai daugiausia skirti stebėjimo tyrimams. Jis analizuoja skirtingų asmenų genetinius variantus, paprastai susijusius su konkrečiu bruožu. Be to, GWAS analizei svarbus visas genomas.

02 paveikslas: GWAS

GWAS yra svarbus įrankis analizuojant pavienių nukleotidų polimorfizmus, susijusius su įvairiomis ligos sąlygomis. Tai taip pat yra lyginamasis įvairių pavienių nukleotidų polimorfizmų tyrimas plačioje populiacijoje. Be to, GWAS tyrimo imties yra labai daug; taigi, tai taip pat yra kryžminio kohorto tyrimo formatas.

Be to, buvo atliktas pirmasis GWAS tyrimas, susijęs su miokardo infarktu ir analizuojant genus, susijusius su miokardo infarktu. Šiuo metu GWAS vaidina svarbų vaidmenį nustatant sudėtingų ligų, kurių etiologija nežinoma, genetinį foną.

Kokie yra QTL ir GWAS panašumai?

• Analizė remiasi DNR sekų duomenimis.
• Abu jie yra susiję su įvairių personažų genetiniais fonais.
• Be to, norint išskaičiuoti ir interpretuoti rezultatus, reikalingos bioinformatikos priemonės.
• Jie daromi didelėms populiacijoms.

Kuo skiriasi QTL ir GWAS??

QTL analizuoja fenotipinius bruožus, susijusius su poligeniniu paveldėjimu, naudodamas susietus geno lokusus, o GWAS analizuoja tam tikros būklės vieno nukleotido polimorfizmus, naudodamas ištisas genomo sekas. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp QTL ir GWAS. QTL žemėlapių sudarymas yra palyginti ne tokia sudėtinga technika kaip GWAS, nes tam reikalingas viso genomo sekos nustatymas.

Žemiau pateiktoje infografikoje apibendrinamas skirtumas tarp QTL ir GWAS lentelių pavidalu.

Santrauka - QTL vs GWAS

QTL žemėlapiai ir GWAS vaidina svarbų vaidmenį nustatant įvairių fenotipinių bruožų genetinį foną. Jie taip pat padeda analizuoti genetinį įvairių ligų pagrindą. QTL žemėlapiai nusako jungiamuosius genus, atsakingus už nuolatinius bruožus, taip pat apima poligeno paveldėjimo genų žemėlapius. Kita vertus, GWAS vyksta atliekant viso genomo analizę, nustatant vieno nukleotido polimorfizmus. Be to, tai vyksta didesniam gyventojų skaičiui. Taigi, tai yra skirtumas tarp QTL ir GWAS.

Nuoroda:

1. Liu, Ruixian ir kt. „GWAS analizė ir QTL pluošto kokybės bruožų ir derlingumo komponentų identifikavimas kalnuotoje medvilnėje naudojant praturtintus didelio tankio SNP žymenis“. „Frontiers in Plant Science“, „Frontiers Media S.A.“, 2018 m. Rugsėjo 13 d., Galima rasti čia.
2. „GWAS Vs. „Qtl“ žemėlapių sudarymas? “ Naujausius pranešimus galite rasti čia.

Vaizdo mandagumas:

1. „Viso genomo QTL skenavimo pavyzdys iš PLoS biologijos“ Autorius: Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H ir kt. (2003) Osteoporozės ryšys su 20p12 chromosoma ir asociacija su BMP2. „PLoS Biol 1“ (3): e69 (CC BY 2.5) per „Commons Wikimedia“
2. Busho WS ir Moore JH „GWAS ligos alelinis poveikis“ - Bush WS, Moore JH (2012) 11 skyrius: Genomo plataus ryšio tyrimai. „PLoS Comput Biol 8“ (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) per „Commons Wikimedia“