Skirtumas tarp RAPD ir RFLP

Pagrindinis skirtumas - RAPD vs RFLP
 

Genetiniai žymekliai yra naudojami molekulinėje biologijoje genetiniams skirtumams tarp individų ir rūšių nustatyti. Atsitiktinė sustiprinta polimorfinė DNR (RAPD) ir Apribojimo fragmento ilgio polimorfizmas (RFLP) yra du svarbūs molekuliniai žymekliai, reguliariai naudojami laboratorijose. RAPD atliekamas su trumpais ir savavališkais oligonukleotidų pradmenimis, ir jis pagrįstas atsitiktiniu įvairių vietų amplifikavimu visoje organizmo šablono DNR. RFLP atliekama naudojant specifinę restrikcijos endonukleazę, kuri remiasi gautų restrikcijos fragmentų polimorfizmu ir hibridizacija. Pagrindinis skirtumas tarp RAPL ir RFLP yra tas RAPD yra PGR metodo rūšis, atliekama be išankstinių žinių apie seką kadangi RFLP nedalyvauja PGR, ir norint atlikti techniką, reikia išankstinių žinių apie seką.

TURINYS
1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra RAPD
3. Kas yra RFLP
4. Šalutinis palyginimas - RAPD ir RFLP
5. Santrauka

Kas yra RAPD?

RAPD yra naudingas molekulinis žymeklis molekulinėje biologijoje. Tai greita ir lengva technika. RAPD gali būti apibrėžtas kaip metodas, kurio rezultatas yra polimorfinės DNR sekos, atsitiktinai padaugintos iš tikslinės DNR šablono kelių vietų. RAPD PGR amplifikacijai naudojami trumpi oligonukleotidiniai pradmenys su savavališkomis sekomis. Gruntai yra sintetinami be išankstinių žinių apie seką. Taigi ji laikoma lengva ir naudinga technika.

Šie pagrindiniai žingsniai yra susiję su RAPD.

1. Tikslinės DNR ekstrahavimas
2. Daugybės tikslinės DNR vietų amplifikacija naudojant atsitiktinai parinktus pradmenis
3. Padaugintų PGR produktų gelinė elektroforezė
4. Dažymas etidžio bromidu ir polimorfizmo nustatymas

Dėl grunto atkaitinimo kitimo, amplifikacijos metu susidaro skirtingi ilgio fragmentai. Taigi, gelių juostos skiriasi individais ir rūšimis. Taigi, RAPD leidžia aptikti genetinius organizmų pokyčius identifikuojant ir diferencijuojant.

RAPD taikomas atliekant įvairius molekulinės biologijos tyrimus, tokius kaip artimų rūšių genetinių skirtumų nustatymas, genų žemėlapių sudarymas, DNR pirštų atspaudų tyrimas, paveldimų ligų nustatymas ir kt..

01 paveikslas: RAPD

Kas yra RFLP?

Restrikcijos fragmentų ilgio polimorfizmai (RFLP) yra molekulinis žymeklis, naudojamas molekulinėje biologijoje homologinių DNR sekų genetiniam kitimui nustatyti. Tai yra pirmasis genetinis žymeklis, sukurtas DNR pirštų atspaudams. Visi organizmai sukuria unikalius DNR profilius, kai yra apriboti specifiniais restrikcijos fermentais. RFLP yra svarbi priemonė kuriant unikalius asmenų DNR profilius ir nustatant genetinius jų variantus. Kai DNR mėginiai skaidomi specifinėmis restrikcijos endonukleazėmis, gaunami skirtingi DNR profiliai, būdingi tik kiekvienam individui. Todėl pagrindinis šio metodo tikslas yra aptikti genetinius organizmų pokyčius apribojant homologinę DNR specifiniais restrikcijos fermentais ir fragmento ilgio polimorfizmo analizę naudojant gelinę elektroforezę ir blotinimą. Blotinimo būdai yra būdingi kiekvienam organizmui ir apibūdina specifinius genotipus.

Šie veiksmai yra susiję su RFLP.

1. Pakankamo DNR kiekio išskyrimas iš mėginių
2. DNR mėginių suskaidymas į specifines restrikcijos endonukleazes į trumpą seką
3. Gautų fragmentų skirtingo ilgio atskyrimas agarozės gelio elektroforeze.
4. Gelio profilio pernešimas į membraną atliekant Southern blotinimą
5. Membranos hibridizavimas pažymėtais zondais ir fragmento ilgio polimorfizmo analizė kiekviename profilyje

RFLP naudoja įvairias programas, tokias kaip paveldėjimo ligų diagnozavimas, genomo žemėlapių sudarymas, kriminalinis identifikavimas atliekant teismo tyrimus, tėvystės nustatymas ir kt..

02 paveikslas: RFLP genotipas

Kuo skiriasi RAPD ir RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD yra molekulinis žymeklis, pagrįstas atsitiktiniais pradmenimis ir PGR.	RFLP yra molekulinis žymeklis, pagrįstas skirtingo ilgio restrikcijos fragmentų gamyba.
Reikalingas pavyzdys
RAPD analizei užtenka nedidelių DNR mėginių.	RFLP analizei reikalingas didelis kiekis ekstrahuotų DNR mėginių.
Laikas
RAPD yra greitas procesas.	RFLP yra daug laiko reikalaujantis procesas.
Grunto naudojimas
Naudojami atsitiktiniai pradmenys ir tie patys pradmenys gali būti naudojami skirtingoms rūšims.	RFLP hibridizacijai naudojami specifiniai zondai.
Patikimumas
Technikos patikimumas yra mažesnis, palyginti su RFLP.	RFLP yra patikima technika.
Blotinimas
RAPD apima pietų pūtimą.	Pietinis blotinimas yra vienas RFLP žingsnis.
Alelio variacijos nustatymas
RAPD negali aptikti alelinių variacijų.	Alelių variacijas gali aptikti RFLP.
Sekos žinių poreikis
RAPD nereikia išankstinių žinių apie seką.	Projektuojant zondą reikia išankstinių žinių apie seką.
PGR
PGR yra susijusi su RAPD	PGR nėra susijusi su RFLP.
Atkuriamumas
RAPD atkuriamumas yra žemas	RFLP atkuriamumas yra aukštas, palyginti su RAPD.

Santrauka - RAPD vs RFLP

RAPD ir RFLP yra svarbūs žymenys, naudojami molekulinėje biologijoje. Abu metodai gali aptikti genetinius organizmų pokyčius. RAPD atliekamas naudojant atsitiktinius pradmenis. RFLP atliekamas naudojant specifinius restrikcijos fermentus. Abu metodai sukuria DNR profilius, būdingus atskiriems organizmams. RAPD yra įtrauktas palyginus keliais žingsniais nei RFLP. Bet tai duoda mažiau patikimus ir atkuriamus rezultatus nei RFLP. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp RAPD ir RFLP.

Nuorodos:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang ir M. K. Slocum. „RAPD ir RFLP genetinių žymenų palyginimas nustatant genetinį panašumą tarp Brassica oleracea L. genotipų.“ ŽENKLAS. Teorinė ir taikomoji genetika. „Theoretische und angewandte Genetik“. JAV nacionalinė medicinos biblioteka, 1994 m. Kovo mėn. Žiniatinklis. 2017 m. Balandžio 12 d
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michaelas Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey ir Antoni Rafalski. „RFLP, RAPD, AFLP palyginimas

Vaizdo mandagumas:
1. „RFLP genotipas“ (nežinoma) - Nacionaliniai sveikatos institutai (viešasis domenas) per „Commons Wikimedia“