Skirtumas tarp panašumo ir tapatumo sekų derinime

pagrindinis skirtumas tarp panašumo ir tapatumo sekų derinime yra tai panašumas yra palyginimas tarp dviejų sekų (panašumas), o tapatumas - simbolių, tiksliai atitinkančių dvi skirtingas sekas, skaičius.

Bioinformatika yra tarpdisciplininė mokslo sritis, kuri daugiausia apima molekulinę biologiją ir genetiką, informatiką, matematiką ir statistiką. Eilių derinimas yra pagrindinis bioinformatikos terminas. Tai procedūra, kurios metu DNR, RNR arba baltymų sekos yra išdėstytos taip, kad būtų galima nustatyti panašumo sritis, kurios yra sekų funkcinio, struktūrinio ar evoliucinio ryšio pasekmė. Derinimo pabaigoje jie bus pateikti kaip eilutės matricoje. Norint išlyginti identiškus ženklus iš eilės esančiose spalvose, tarp likučių yra įterpti tarpai.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Koks yra sekų suderinimo panašumas
3. Kas yra tapatumas sekų derinime
4. Panašumo ir tapatumo panašumai sekų derinime
5. Šalutinis palyginimas - panašumas ir tapatumas sekos suderinime lentelės pavidalu
6. Santrauka

Kas yra panašumas?

Sekų suderinimo panašumas yra dviejų sekų panašumas. Šis faktas priklauso nuo sekų tapatumo. Panašumas parodo likučių suderinimo laipsnį. Taigi panašios sekos turi panašias savybes. Bioinformatikoje panašumas yra priemonė įvertinti dviejų baltymų panašumą.

01 paveikslas: Eilės suderinimo panašumas

Yra du pagrindiniai sekų derinimo proceso žingsniai. Pirmasis žingsnis yra suderinimas poromis, padedantis rasti optimalų derinimą tarp dviejų sekų (įskaitant spragas), naudojant tokius algoritmus kaip BLAST, FastA ir LALIGN. Atitikimo algoritmas nustato minimalų redagavimo operacijų skaičių; intarpai ir pakeitimai, siekiant suderinti vieną seką su kita. Išlyginus porą, būtina gauti du kiekybinius parametrus iš kiekvienos poros palyginimo. Jie yra tapatumas ir panašumas.

Kas yra tapatybė?

Tapatumas sekų derinime - tai ženklų, kurie tiksliai sutampa tarp dviejų skirtingų sekų, skaičius. Taigi spragos neįskaičiuojamos vertinant tapatybę. Laikoma, kad matavimas yra susijęs su trumpesne seka tarp dviejų sekų. Tai reikšmingai reiškia, kad jis daro poveikį ten, kur sekos tapatumas nėra pereinamasis. Jei X = Y ir Y = Z, tada X nebūtinai lygus Z. Tai išvedama pagal tapatumo atstumo matą.

02 pav. Tapatumas sekų derinime

Pavyzdžiui, X turi AAGGCTT seką, Y turi AAGGC seką, o Z turi AAGGCAT seką. Tapatumas tarp X ir Y yra 100% 5 vienodi nukleotidai / min. [Ilgis (X), ilgis (Y)]. Tapatumas tarp Y ir Z taip pat yra 100%. Bet tapatumas tarp X ir Z yra tik 85% (6 vienodi nukleotidai / 7).

Kokie yra panašumai ir tapatumas sekų derinime?

• Panašumas ir tapatumas yra du terminai, kuriuos naudojame derindami seką.
• Jie taip pat nurodo dviejų sekų panašumą.
• Be to, mes jas išreiškiame procentine verte.

Kuo skiriasi panašumas ir tapatumas sekų derinime?

Lygiavimo panašumas parodo dviejų sekų panašumą, kai lyginamas, o tapatumas sekų derinime nurodo simbolių, tiksliai atitinkančių dvi skirtingas sekas, skaičių. Todėl tai yra pagrindinis skirtumas tarp panašumo ir tapatumo, derinant sekas.

Santrauka - panašumas prieš tapatumą sekų derinime

Eilių derinimas padeda nustatyti DNR, RNR ar baltymų panašumo sritis, atsirandančias dėl funkcinių, struktūrinių ar evoliucinių ryšių tarp sekų. Taigi, panašumas ir tapatumas yra du pagrindiniai terminai sekos suderinimo kontekste. Pagrindinis skirtumas tarp šių dviejų terminų yra tas, kad panašumas yra panašumas tarp dviejų sekų palyginus, tuo tarpu tapatumas yra simbolių, kurie tiksliai sutampa tarp dviejų skirtingų sekų, skaičius. Taigi, tai yra skirtumas tarp panašumo ir tapatumo, derinant sekas.

Nuoroda:

1. „Tapatumas ir panašumas - kiekybinė priemonė“. Tapatumas ir panašumas - kiekybinė priemonė, kurią galite rasti čia.
2. „Eilės suderinimas“. Eilių derinimas - Bioinformatics.Org Wiki, prieinamas čia.

Vaizdo mandagumas:

1. Kolekaras Pandurang „Lygiavimas ir be jo suderinimo filogenija“ - Savas darbas (CC BY 3.0) per „Commons Wikimedia“
2. „BLAST“ išvestis - „Fdardel“ - Nuosavas darbas (CC BY-SA 3.0) per „Commons Wikimedia“