„Okazaki“ fragmentai vs atsiliekanti juosta
„Okazaki fragmentai“ ir „atsiliekanti gija“ yra terminai, dažnai naudojami chemijoje. Savo chemijos klasėje turbūt daug girdėjote apie „okazaki“ fragmentus ir atsilikusią sruogą. Na, tai tik tuo atveju, jei įdėmiai klausote savo profesoriaus. Šis straipsnis yra skirtas atnaujinti, kas yra „okazaki“ fragmentai ir atsilikusi styga.
Okazaki fragmentai ir atsilikusi styga aptariami, kiek tai susiję su DNR replikacija. Pirmiausia, DNR replikacija yra apibrėžiama kaip biologinis procesas, vykstantis visuose gyvuose organizmuose ir kopijuojantis jų DNR. Kita vertus, DNR yra biologinio paveldėjimo pagrindas.
DNR replikacijos metu susidaro okazaki fragmentai. Šie okazaki fragmentai atrodo palyginti trumpi. Jie laikomi galutiniais produktais arba naujai susintetintais DNR fragmentais, suformuotais atsilikusioje grandinėje. Paprasčiau tariant, okazaki fragmentai susidaro ant atsilikusios sruogos. Atsilikusi grandinė yra apibrėžta kaip DNR grandinė, kuri pakartojama nepertraukiamai nuo penkių pėdų iki trijų pėdų krypties. Kryptis nuo penkių iki trijų pėdų yra kryptingumas molekulinėje biologijoje.
Okazaki fragmentai papildo atsiliekančią sruogą. Be jų nebus susiformavusios trumpos, dvigubos DNR sekcijos. Jei norėtume nustatyti okazaki fragmentų ilgį, Escherichia coli - tai bakterijos, dažniausiai aptinkamos šiltakraujų organizmų žarnyne - nuo 1000 iki 2000 nukleotidų ilgio. Okazaki fragmentai matuoja nuo 100 iki 200 nukleotidų ilgio eukariotuose - organizmuose, turinčiuose sudėtingas ląstelių struktūras.
Kiekvienas iš okazaki fragmentų yra atskirtas RNR pradmenimis. Ir jei RNR pradmenys bus pašalinti, fermentas, vadinamas ligaze, sujungs okazaki fragmentus, kad susidarytų naujai susintetinta papildoma grandinė.
Kaip jau minėjome anksčiau, okazaki fragmentai ir atsilikusi styga papildo vienas kitą. Tačiau yra dar viena DNR grandinė, vaidinanti labai svarbų vaidmenį DNR replikacijos procese. Ji vadinama pirmaujančia grandine. Jei apibrėžta, kad atsilikusi sruogos atkartojama nepertraukiamai, pirmaujanti gija eina atvirkščiai. Tai atkartojama nuolat. Pagrindinės grandinės buvimas leidžia atsikratyti DNR grandinės DNR. Paprasčiau tariant, pirmaujančios krypties siūlomas maršrutas yra tęstinis.
Atliekant DNR replikaciją, sruogos turėtų būti sujungtos penkių pėdų ir trijų pėdų kryptimi. Esant nenutrūkstamam ar nenutrūkstamam keliui, problemų nebus. Bet, kalbant apie atsilikusią DNR kryptį, ji negali būti tęstinė, nes kalbama apie antiparallelę DNR kryptį. Norėdami kompensuoti, atsilikusios sruogos gaminamos kaip trumpos sruogos, papildomai padedant okazaki fragmentams. Gana normalu, kad DNR sruogos eina priešingomis kryptimis, nes DNR struktūra yra dviguba spiralė. Kadangi atsilikusi gija eina antiparalleline kryptimi, jos polimerazė funkcionuoja, dirbdama atgal link replikacijos šakutės ir mažais gabalėliais.
„Okazaki“ fragmentus ir kitus susijusius procesus DNR replikacijos procese atrado Kiwako Sakabe ir Reiji Okazaki 1966 m. Jie buvo ištyrę bakterijos, Escherichia coli, DNR replikacijos procesą..
Santrauka: