Prokariotų ląstelių dydis paprastai yra 0,2–2,0 mikrometro skersmens, o eukariotų ląstelių - 10–100 mikrometrų..
Eukariotai vadinami „tikru branduoliu“, nes juose yra membranų surišti branduoliai ir jie susideda iš kitų organelių, tokių kaip lizosomos, Golgi kompleksas, endoplazminis retikulumas, mitochondrijos ir chloroplastai, o prokariotai neturi branduolinės membranos ar kitų membranos apgaubtų organelių..
Prokariotuose flagellum yra pagamintas iš dviejų baltymų statybinių blokų; o ląstelių siena yra chemiškai sudėtinga ir pagaminta iš peptidoglikano (pavienio didelio aminorūgščių ir cukraus polimero), Â tuo tarpu eukariotų žiedlapiai yra sudėtingesni su daugybe mikrotubulų, o kai yra ląstelių sienos, jie yra chemiškai paprasti.
Prokariotuose ląstelės dalijasi per dvejetainį dalijimąsi, o mejozė nevyksta, o konjuguojant vyksta tik DNR fragmentai. Ląstelių dalijimasis eukariotuose vyksta per mitozę, o lytinis dauginimasis vyksta per mejozę.
Eukariotuose plazmos membraną sudaro steroliai ir angliavandeniai. Citoplazma susideda iš citoskeletų ir yra citoplazmos srautas. Ribosomos yra didesnės (80S) ir mažesnės (70S) dydžio, o chromosomos yra daugybinės ir tiesiškai išdėstytos histonais. Eukariotų DNR yra daug sudėtingesnė nei prokariotų DNR.
Prokariotuose plazmos membranoje nėra angliavandenių ar sterolių. Citoplazmoje nėra citosketetono ar citoplazmos. Ribosomos yra mažesnės (70S) ir jose yra viena apvali chromosoma, kurios nesudaro histonai.