Differkinome

Skirtumas tarp benzonazės ir DNazės

Mokslas ir gamta
Share

Pagrindinis skirtumas - benzonase vs DNase
  

Nukleorūgščių skilimas yra svarbus daugeliui molekulinės biologijos metodų. Jis plačiai naudojamas rekombinantinėje DNR technologijoje, siekiant atsikratyti nepageidaujamų DNR ir RNR fragmentų. Nukleino rūgštį ardantys fermentai yra vadinami nukleazėmis ir, atsižvelgiant į reikiamą funkciją, jie gali būti įvairių tipų. Branduoliai, ardantys DNR, yra žinomi kaip DNazės, tuo tarpu tos, kurios skaido RNR, yra žinomos RNazės. Šie fermentai dažniausiai naudojami in vitro eksperimentai kur į in vitro atliekami molekuliniai tyrimai, siekiant išskirti gryną DNR, RNR arba baltymus. Benzonazės yra tam tikros rūšies nukleazės, kurios skaido ir DNR, ir RNR, tuo tarpu DNazės skaido tik DNR. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp benzonase ir DNase.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra benzonase
3. Kas yra DNase
4. Benzonase ir DNase panašumai
5. Šalutinis palyginimas - lentelės formos benzonase vs DNase
6. Santrauka

Kas yra Benzonase?

Benzonazė yra genetiškai modifikuota endonukleazė iš Serratia marcescens. Šis fermentas gaminamas E. coli šeimininkai pramoniniu mastu. Benzonazė sugeba suskaidyti dvigrandinę DNR, linijinę DNR, žiedinę DNR ir viengrandę RNR. Taigi benzonase yra komerciškai svarbi. Fermentas benzonazė yra baltymo dimeris, turintis 245 identiškas aminorūgštis, ~ 30 kDa subvienetus su dviem esminiais disulfido ryšiais. Benzonazė skaldo nukleorūgštis savo 5 'gale ir sudaro fragmentus su laisvais 5'-galais. Benzonazė gali suskaidyti nukleorūgštis bet kuria seka, tačiau pirmenybė teikiama GC turinčioms sritims.

Benzonazė laikoma -20 ° C 0C. Nustatyta, kad optimalus fermento aktyvumo pH yra 8,0–9,2. Benzonazės panaudojimas apima mėginio paruošimą baltymo 2D gelio elektroforezei, kai benzonase pašalinamos surištos nukleorūgštys, ir nukleorūgšties teršalų pašalinimą iš rekombinantinių baltymų preparatų. Jis taip pat naudojamas siekiant sumažinti baltymų ekstraktų klampumą ir užkirsti kelią ląstelių sulipimui į ląstelių mišinį.

Kas yra DNase?

DNazė yra nukleazė, hidrolizinis fermentas, galintis suskaidyti tik dvigrandę DNR. Yra du pagrindiniai DNazių tipai: DNase I ir DNase II. DNazė I dalyvauja skaidydama dvigrandą DNR, kad gautų polinukleotidus su 5 'laisvaisiais galais. DNazė II skaido dvigrandinę DNR ir gauna polinukleotidų gijas, turinčias 3 'laisvus galus arba iškyšas.

DNazė I

DNase I veikia esant optimaliam pH tarp 7,0 - 8,0. Fermento aktyvumas priklauso nuo daugelio joninių kofaktorių, tarp kurių yra Ca2+, Mg2+ arba Mn2+. Mg veikla2+ ir Mn2+ nusprendžia dinazės I funkciją. Esant Mg2+, DNazė I atskirai skaido kiekvieną dsDNR grandinę. Tai vyksta atsitiktine tvarka. Priešingai, esant Mn2+, fermentas skaldo abi DNR grandines maždaug toje pačioje vietoje. Dėl šio skilimo bus gaminami dviejų tipų DNR fragmentai; vieno tipo su neryškiais galais ir kito tipo su vienu ar dviem nukleotidų iškyšuliais.

02 paveikslas: DNase

DNase II

DNase II funkcionuoja esant optimaliam 4,5–5,0 pH, o jo veikimui reikalingi dvivalentiai metalų jonai, panašiai kaip DNase I. Yra žinoma, kad DNase II mechanizmas susideda iš trijų pagrindinių žingsnių..

  1. DNR stubure sužadinamos kelios vienos grandinės pertraukos.
  2. Gaunami rūgščioje tirpūs nukleotidai ir oligonukleotidai.
  3. Netiesinis hiperchrominis poslinkis įvyksta paskutinėje fazėje.

Pagrindiniai DNazės fermento inhibitoriai yra metalų chelatoriai, pereinamieji metalai ir tokios cheminės medžiagos, kaip natrio dodecilsulfatas ir β-merkaptoetanolis..

Pagrindiniai DNazės taikymo būdai yra RNR ir baltymų ekstraktų be DNR paruošimas ir šablono DNR pašalinimas atliekant in vitro transkripcijos eksperimentus.

Kokie yra benzonase ir DNase panašumai?

  • Abu yra hidroliziniai fermentai.
  • Abu yra nukleazės.
  • Abu dalyvauja skaidydami nukleorūgščių fosfodiesterinius ryšius.
  • Norint išlaikyti fermento aktyvumą, abiem reikia optimalios pH ir laikymo temperatūros.
  • Fermentų inhibitoriai yra chelatai, pereinamieji metalai ir plovikliai.
  • Pagrindinės programos yra skirtos gryniems DNR, RNR ir baltymų ekstraktams gauti.
  • Abu fermentai gali būti gaminami genų inžinerijos būdu.

Kuo skiriasi benzonase ir DNase??

Benzonase vs DNase
Benzonazė yra fermentas, galintis suskaidyti dvigrandinę DNR, linijinę DNR, žiedinę DNR ir RNR. DNazė yra fermentas, galintis suskaidyti dvigrandinę DNR.
Fermento substratas
Tiek DNR, tiek RNR yra benzonazės substratai. DNR yra DNazės substratas.
Struktūra
Optimalus benzonazės pH diapazonas yra 7,0–8,0 Optimalūs DNazės I pH diapazonai yra 7,0 - 8,0, o DNazė II yra 4,5 - 5,0.

Santrauka - Benzonase vs DNase

Nukleazės fermentai yra plačiai naudojami atliekant įvairias eksperimentines procedūras, susijusias su molekuline biologija ir genų inžinerija. Benzonazė ir DNazė yra dviejų rūšių nukleazės. Benzonazė skaido DNR ir RNR, tuo tarpu DNazė skaido dvigrandinę DNR. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp benzonazės ir DNazės. Šiuo metu abu šie nukleazių tipai gaminami rekombinantinės DNR technologijos dėka, gaunant aukštesnės kokybės fermentus, optimizuotus maksimaliai gamybai.

Atsisiųskite „Benzonase vs DNase“ PDF versiją

Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia. Skirtumas tarp „Benzonase“ ir „DNase“

Nuorodos:

1. „Deoksiribonukleazė I iš galvijų kasos D5025“. Sigma-Aldrich, galite rasti čia. Prisijungta 2017 m. Rugsėjo 19 d.
2. „Dezoksiribonukleazė II“. Dezoksiribonukleazė II - Worthingtono fermento vadovas, kurį galite rasti čia. Prisijungta 2017 m. Rugsėjo 19 d.

Vaizdo mandagumas:

1. „Padidėjęs jautrumas DNR DNR vietai“, pateikė Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N ir kt. - Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N ir kt. (2012) koreliacija tarp „DNase I“ padidėjusio jautrumo vietos pasiskirstymo ir genų ekspresijos HeLa S3 ląstelėse. „PLOS ONE 7“ (8): e42414. doi: 10.1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) per „Commons Wikimedia“

Mokslas ir gamta
×