Skirtumas tarp CRISPR ir RNR

Raktas Skirtumas - CRISPR prieš RNR
 

Genomo redagavimas ir genų modifikavimas yra artėjančios genetikos ir molekulinės biologijos interesų sritys. Genų modifikacija yra plačiai taikoma genų terapijos tyrimams. Ji taip pat naudojama nustatant geno savybes, geno funkcionalumą ir tai, kaip geno mutacijos galėtų paveikti jo funkcijas. Svarbu sukurti veiksmingus ir patikimus būdus, kaip atlikti tikslius, tikslingus gyvų ląstelių genomo pakeitimus. Genai modifikuoti dideliu tikslumu yra naudojami tokie metodai kaip CRISPR ir RNAi. CRISPR arba klasteriniai reguliariai tarpslanksteliniai trumpi palindrominiai pakartojimai yra natūraliai pasitaikantis prokariotinis imuninės gynybos mechanizmas, neseniai naudojamas eukariotinių genų redagavimui ir modifikavimui. RNR arba RNR trukdžiai yra sekos specifinis metodas, skirtas nutildyti genus, įvedant mažą dvigubą grandinę RNR, kuri tarpininkauja nukleorūgštims ir reguliuoja genų ekspresiją.. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp CRISPR ir RNAi.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra CRISPR
3. Kas yra RNR
4. CRISPR ir RNAi panašumai
5. Šalutinis palyginimas - CRISPR ir RNAi lentelės pavidalu
6. Santrauka

Kas yra CRISPR?

CRISPR sistema yra natūralus mechanizmas, esantis kai kuriose bakterijose, įskaitant E. coli ir archea. Tai yra adaptyvi imuninė apsauga nuo svetimų DNR paremtų invazijų. Tai konkrečiai sekai būdingas mechanizmas. CRISPR sistemą sudaro keli DNR pakartotiniai elementai. Šie elementai susikerta su trumpomis „tarpininkų“ sekomis, gautomis iš svetimos DNR ir daugybinių Cas genų. Kai kurie „Cas“ genai yra nukleazės. Taigi visa imuninė sistema yra vadinama CRISPR / Cas sistema.

01 paveikslas: CRISPR / Cas sistema

CRISPR / Cas sistema veikia keturiais etapais.

1. Sistema genetiškai riša invazinius fago ir plazmidės DNR segmentus (tarpines) į CRISPR lokusus (vadinamus tarpiklio gavimo žingsniu)..
2. crRNR brendimo etapas - šeimininkas perrašo ir apdoroja CRISPR lokusus, kad sugeneruotų subrendusią CRISPR RNR (crRNR), kuriuose yra ir CRISPR kartotinių elementų, ir integruotų tarpinių elementų.
3. CrRNR aptikimas - tai palengvina papildomas bazių poravimas. Tai svarbu, kai yra infekcija ir infekcijos sukėlėjas.
4. Tikslinis trukdžių žingsnis - crRNR nustato svetimą DNR, sudaro kompleksą su svetima DNR ir apsaugo šeimininką nuo svetimos DNR..

Šiuo metu CRISPR / Cas sistema yra naudojama žinduolių genomui pakeisti ar modifikuoti, transkripcijos represijos arba aktyvacijos būdu. Žinduolių ląstelės gali reaguoti į CRISPR / Cas9 tarpininkaujamas DNR pertraukas, naudodamos taisymo mechanizmą. Tai gali būti padaryta naudojant nehomologinį galinio sujungimo metodą (NHEJ) arba homologinį nukreiptą taisymą (HDR). Abu šie remonto mechanizmai vyksta įvedant dvigubas pertraukas. Tai lemia žinduolių geno redagavimą. Taigi šiuo metu CRISPR / Cas sistema naudojama terapijos, biomedicinos, žemės ūkio ir mokslinių tyrimų srityse.

Kas yra RNR?

RNR interferencija yra dvigubos grandinės RNR tarpininkaujama technika, naudojama genų ekspresijai reguliuoti. Pagrindinis dalyvaujantis junginys yra mažos trukdančios RNR (siRNR). SiRNR yra ypatingo tipo dvigubos grandinės RNR, turinčios 3 'dviejų nukleotidų išsikišimą ir 5' fosfato grupę. RNR sukeltas RNR sukeltas triukšmo slopinimo kompleksas (RISC) susidaro dėl RNR trukdžių, dėl kurių suskaidomas genas, surištas prie siRNR.

02 paveikslas: RNR

RNR procedūra yra tokia.

1. Dvigrandė RNR bus citoplazmoje apdorota RNazės III tipo endoribonukleazės, vadinamos Dicer, būdu, kad būtų sukurta ~ 21 nukleotido ilgio siRNR
2. SiRNR surišto „Dicer“ pernešimas į Argonautą pasitelkiant dvigrandžius RNR jungiančius baltymus (dsRNABP).
3. Argonauto surišimas su viena dvipusio juostele (kreipiančiąja grandine). Tai pakeis kitą sruogą. Dėl to susidaro visas baltymų - RNR kompleksas, kuris vadinamas RISC.
4. RISC komplekso susiejimas su viengrandine kreipiančiąja RNR, sujungta su Argonaute.
5. Homologinio RNR taikinio susiejimas su kreipiančiąja RNR.
6. Argonauto suaktyvinimas, dėl kurio suyra tikslinė RNR

Koks yra CRISPR ir RNAi panašumas?

• Abi yra naudojamos kaip genų ekspresiją modifikuojančios tyrimų priemonės

Kuo skiriasi CRISPR ir RNR?

CRISPR prieš RNR
CRISPR yra imuninės gynybos mechanizmas, kuris neseniai buvo naudojamas eukariotinių genų redagavimui ir modifikavimui.	RNRi yra specifinis sekos metodas, skirtas nutildyti genus, įvedant mažus dvigrandus
Taikymo seka
Sintetinė RNR (kreipiančioji RNR) yra tikslinė CRISPR seka.	siRNR yra nukreipta RNR seka.
Genų slopinimo efektyvumas
Maža CRISPR	Aukštas RNR
Efektai
Genų naikinimas įvyksta CRISPR.	RNAi įvyksta nokautas / nutildymas.

Santrauka - CRISPR vs RNR

CRISPR arba Grupuojami reguliariai tarpais trumpi palindrominiai pasikartojimai yra natūraliai atsirandantis prokariotinis imuninės gynybos mechanizmas, kuris neseniai buvo naudojamas eukariotinių genų redagavimui ir modifikavimui. RNR arba RNR trukdžiai Tai yra sekai būdingas metodas, skirtas nutildyti genus, įvedant mažą dvigrančią RNR, kuri tarpininkauja nukleorūgštims ir reguliuoja genų ekspresiją. Tai galima laikyti pagrindiniu skirtumu tarp CRISPR ir RNR. Abu būdai, CRISPR / Cas ir RNAi, yra galingi genų manipuliacijų įrankiai, nors CRISPR / Cas tikrai yra pranašesni už RNR, nes jie gali būti naudojami tiek intarpams, tiek deletams sukelti. CRISPR / Cas sistemos specifiškumas taip pat yra didelis.

Atsisiųskite CRISPR vs RNAi PDF versiją

Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia. Skirtumas tarp CRISPR ir RNAi 

Nuoroda:

1.Biolabsas, Naujoji Anglija. „CRISPR / Cas9 ir tikslinis genomo redagavimas: nauja epocha molekulinės biologijos srityje“. CRISPR / Cas9 ir tikslinis genomo redagavimas: nauja epocha molekulinės biologijos srityje NEB. Priimta 2017 m. Rugsėjo 22 d. Galima rasti čia 
2. „RNR interferencija (RNR)“. Nacionalinis biotechnologijų informacijos centras, JAV Nacionalinė medicinos biblioteka. Priimta 2017 m. Rugsėjo 22 d. Galima rasti čia
3. „Unniyampurath“, „Unnikrishnan“ ir kt. „RNR kišimasis į CRISPR amžių: ar CRISPR kišis į RNR?“ Tarptautinis molekulinių mokslų žurnalas, MDPI, 2016 m. Kovo mėn. Prieinamas 2017 m. Rugsėjo 22 d. Galima rasti čia

Vaizdo mandagumas:

1. „CRISPR imuniteto etapai“ „CtSkennerton“ - Savas darbas (CC BY-SA 4.0) per „Commons Wikimedia“ 
2. „RNAi-supaprastinta“ - šį paveikslėlį iš vieno pritaikė Matzke MA, Matzke AJM - Šis paveikslėlis pritaikytas iš Matzke MA, Matzke AJM (2004) Naujos paradigmos sodinimas. „PLoS Biol 2“ (5). (CC BY 2.5) per „Comons Wikimedia“