Skirtumas tarp egzomos ir RNR sekos

Pagrindinis skirtumas - egzome vs RNR sekos
 

Nukleorūgščių sekos nustatymas yra metodas, kuriuo nustatoma nukleotidų tvarka tam tikrame organizmo DNR ar RNR fragmente. Sekavimas yra svarbus nustatant ląstelės DNR ir RNR struktūrą ir išskiriant tam tikrus genus, kurie koduoja funkcinius baltymus; Taigi sekos gali būti naudojamos suprasti šių genų mutacijas ir genų išraiškas. „Sanger“ sekos nustatymo metodas arba tobulesni naujos kartos sekų sudarymo metodai yra sekos nustatymo metodai, kurie dažniausiai naudojami. Egzamino seka yra viso egzonų rinkinio arba koduojančių DNR sričių, esančių organizme, sekos, tuo tarpu RNR sekos nustatymas yra ribonukleorūgščių (RNR) sekos nustatymo procedūra.. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp egzomo ir RNR sekos.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra egzomo sekvenavimas
3. Kas yra RNR sekvenavimas
4. Exome ir RNR sekų panašumai
5. Šalutinis palyginimas - Exome ir RNR sekos lentelės forma
6. Santrauka

Kas yra egzomo sekvenavimas?

Exome yra genomo pogrupis, kurį sudaro koduojantys tam tikro organizmo genai. Koduojantys genai yra įvardijami kaip egzonai ir perrašomi į mRNR, o po to paverčiami į aminorūgščių sekas. Po transkripcijos modifikacijų RNR splaisingo mechanizmas eukariotuose pašalina intronus (nekoduojančius regionus), o egzonai išlieka. Yra du pagrindiniai būdai, kuriais daroma egzomo sekos: sprendimas pagrįstas ir masyvas.

Tiriant tirpalu pagrįstą egzomo seką, DNR mėginiai suskaidomi naudojant restrikcijos fermentus arba mechaninį metodą ir denatūruojami šiluma. Taikant šią metodiką, selektyviai hibridizuojasi su tikslinėmis genomo sritimis, naudojant biotinilintus oligonukleotidinius zondus (masalus). Įrišimo etapui naudojami magnetiniai streptavidino granulės. Po surišimo seka plovimo stadija, kai nesusietos ir netikslinės sekos nuplaunamos. Tada surišti taikiniai amplifikuojami naudojant polimerazės grandininę reakciją (PGR) ir po to sekuojami pagal Sanger sekos arba naujos kartos sekvenavimo metodus..

01 paveikslas: Egzamino sekos nustatymas

Masyvo metodas taip pat yra panašus į tirpalu pagrįstą metodą, išskyrus tai, kad DNR fragmentai yra surenkami į mikrotraumą, o po to sekos surišamos ir plaunamos..

Egzaminų seka naudojama daugelyje programų, pavyzdžiui, genetinei ligų diagnozei nustatyti, genų terapijai, identifikuojant naujus genetinius žymenis, žemės ūkyje, siekiant nustatyti įvairius naudingus agronominius bruožus, ir augalų veisimo procedūrose..

Kas yra RNR sekvenavimas?

RNR seka nustatoma remiantis transkriptu, kuris yra pilnas ląstelės nuorašas. Pagrindiniai RNR sekos nustatymo tikslai yra kataloguoti visas nuorašo rūšis, įskaitant mRNR, nekoduojančią RNR ir mažą RNR, nustatyti transkripcinę genų struktūrą ir kiekybiškai įvertinti kiekvieno transkripto išraiškos lygius vystymosi metu. RNR sekos nustatymo metu iš pradžių sekos buvo naudojamos hibridizacijos technologijos (kurios buvo papildomos DNR, gautos iš subrendusių mRNR sekų). Šiuo metu RNR sekai nustatyti yra tikslesnė ir pažangesnė „per-put“ metodika.

02 paveikslas: RNR seka

Atliekant RNR seką, RNR mėginys, kuris gali būti visa RNR arba frakcionuota RNR, paverčiamas jo papildoma DNR (cDNR), naudojant atvirkštinę transkripciją, ir paruošiama cDNR biblioteka. Kiekvienas cDNR fragmentas yra pritvirtintas prie adapterių iš abiejų pusių (porų galų sekos nustatymas) arba iš vienos pusės (vieno galo sekos nustatymas). Šios pažymėtos sekos yra sekamos naudojant „Sanger“ seką arba sekančią kartą, pavyzdžiui, egzomo seką.

Kokie yra egzomo ir RNR sekos panašumai?

• Trumpi atrinkti fragmentai arba visas DNR / RNR rinkinys gali būti naudojami Exome ar RNR sekai nustatyti.
• Nuoseklūs fragmentai saugomi bibliotekose.
• Galima naudoti Sanger arba sekančios kartos seką.
• Abu yra sekos nustatymo in vitro metodai.
• Supakuotus fragmentus galima nustatyti fluorescencinėmis žymėmis.

Kuo skiriasi egza ir RNR sekos?

Exome vs RNR sekos
Egzamino seka yra viso egzonų komplekto arba koduojančių DNR sričių, esančių organizme, sekos sekos nustatymas.	RNR sekos sudarymas reiškia ribonukleorūgščių (RNR) sekos sudarymo procedūrą; stenograma.
Pradinis pavyzdys
Genomo DNR yra pradinis egzomo sekos nustatymo pavyzdys.	RNR yra pradinis RNR sekos nustatymo pavyzdys.
Sudėtis
Čia yra tik visos DNR, žinomos kaip egzonai, koduojantys regionai	Jame yra RNR-mRNR / transkriptas.
Sekavimas
Yra du pagrindiniai egzomo sekos nustatymo metodai; sprendimų ir masyvų technologijos.	RNR seka atliekama paruošiant cDNR biblioteką, ekstrahuojant visą RNR arba suskaidytą RNR.

Santrauka - Exome vs RNR sekos

Exome yra visas organizmo koduojančių sričių rinkinys, o metodai, naudojami nustatant tikslią Exome nukleotidų tvarką, yra žinomi kaip egzomo sekos nustatymas. RNR sekos nustatymas yra metodas, naudojamas nustatant organizmo RNR nukleotidų tvarką. Tai yra skirtumas tarp egzomos ir RNR sekos.

Atsisiųskite „Exome vs RNA Sequencing“ PDF versiją

Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia. Exome ir RNR sekos skirtumas

Nuorodos:

1.Wang, Zhong ir kt. „RNA-Seq: revoliucinis transkriptikos įrankis“. Gamtos apžvalgos. Genetika, JAV nacionalinė medicinos biblioteka, 2009 m. Sausio mėn., Galima rasti čia. Prisijungta 2017 m. Rugsėjo 3 d.
2.Warr, Amanda ir kt. „Exome sekvencija: dabartinė ir ateities perspektyvos“. G3: Genai | Genomai | Genetika, Amerikos genetikų draugija, 2015 m. Rugpjūtis, galima rasti čia. Prisijungta 2017 m. Rugsėjo 3 d.

Vaizdo mandagumas:

1. „Exome Sequencing Workflow 1a“ autoriai Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) per Commons Wikimedia
2. „Journal.pcbi.1004393.g002“, autorius SarahKusala - Savas darbas (CC BY 3.0) per „Commons Wikimedia“