Skirtumas tarp hierarchinės ir viso genomo karabinų sekos

pagrindinis skirtumas tarp hierarchinės ir viso genomo kulkosvaidžių sekos yra tai atliekant hierarchinę šautuvo seką, genomas yra suskaidomas į didesnius fragmentus prieš atliekant sekos sudarymą, tuo tarpu atliekant viso genomo kulkosvaidžio seką, visas genomas yra suskaidomas į mažus fragmentus, kad būtų galima sekuoti.

Sekavimas yra svarbus metodas molekuliniuose procesuose, ypač tiksliai nustatant rūšis. Tiesą sakant, tai yra tiksli nukleotidų eilės nustatymo gene ar genome technika. Yra daugybė sekos sudarymo metodų. Kai kurie iš jų apima Maksamo Gilberto metodą, Sangerio metodą ir automatizuotą Sangerio metodą.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra hierarchinė šaudymo pistoleto seka
3. Kas yra viso geno karabino sekos nustatymas
4. Hierarchinio ir viso genomo karabino sekos panašumai
5. Lyginimas iš šono - hierarchinė ir viso genomo karabino sekos lentelės forma
6. Santrauka

Kas yra hierarchinė šaudymo pistoleto seka?

Hierarchinis šautuvo sekos nustatymas yra vienas iš sekos sudarymo būdų. Tai taip pat vadinama sekvenavimu iš viršaus į apačią. Be to, šį metodą sudaro du etapai: pirmasis žingsnis yra genomo amplifikacija, o antrasis - genomo suskaidymas. Šiuo metodu genomas pirmiausia suskaidomas į didelius fragmentus. Po to šie dideli fragmentai klonuojami į įvairius šeimininkus, naudojant vektorius ar dirbtines chromosomas. Tada šie rekombinantiniai vektoriai yra sudedami į biblioteką. Šaudymo pistoleto sekos sudarymo metu rekombinantiniai vektorių klonai sekvenavo atskirai. Klonų fragmentai skaidomi restrikcijos būdu, kad dar labiau sumažintų genomo dydį, tokiu būdu sekventuojami.

01 paveikslas: Hierarchinė šaudymo pistoleto seka

Atliekant hierarchinę šautuvo seką, prieš šaudant į šautuvą, dideli fragmentai turi būti išdėstyti eilės tvarka. Tai vyksta naudojant molekulinius žymenis, kurie yra įtraukti į klonavimo procesą.

Hierarchinis šautuvo sekos nustatymas sukuria žemos gebos geno žemėlapį. Bet tai sukuria užsakytą sekų žemėlapį. Taigi tai trunka ilgiau nei tiesioginis sekos darymas. Visas procesas užtrunka dėl rekombinantinių vektorių bibliotekos sukūrimo. Ar tai taip pat daug darbo reikalaujanti technika. Tačiau šiuo metu technika yra automatizuota, kad palengvintų darbą.

Kas yra viso geno karabino sekos nustatymas?

Viso genomo šaudymo iš sekų sekos nustatymas yra vienas žingsnis. Šiame procese pirmiausia atliekamas genomo kirpimas. Po to kiekvienas iš šių mažų fragmentų seka atsitiktine tvarka. Pabaigus seką, atliekama sekų analizė. Atliekant sekų analizę, sutampančios sekos pašalinamos, o analizė nėra užsakytas procesas. Todėl sekų surinkimas yra mažiau efektyvus procesas, palyginti su hierarchine šaudymo iš pistoleto seka. Tačiau viso genomo kulkosvaidžių sekos nustatymo procesas yra spartesnis, o viso genomo analizė gali vykti vienu atveju.

Kokie yra hierarchinio ir viso geno karabino sekos nustatymo panašumai?

• Hierarchinis ir viso genomo šaudymo iš pistoletų sekos yra du sekos sudarymo būdai.
• Abiem atvejais atliekamas „Sanger“ sekos nustatymas arba automatinis „Sanger“ sekos nustatymo metodas.
• Jie dalyvauja DNR ir RNR fragmentų sekose.
• Be to, abu metodai yra svarbūs molekulinės diagnostikos ir tyrimų tikslais.
• Šiuo metu abu būdai yra automatizuoti arba kompiuteriniai.
• Abi technologijos priklauso nuo genomo suskaidymo.

Kuo skiriasi hierarchinė ir viso genomo karabinų sekos?

Hierarchinė šaudymo pistoleto seka generuoja didesnio dydžio fragmentus, palyginti su viso genomo šovinio sekos nustatymu, kuris veikia su mažais sekų fragmentais. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp hierarchinės ir viso genomo kulkosvaidžių sekos. Be to, hierarchinę šaudymo pistoleto seką sudaro du pagrindiniai žingsniai, o viso genomo šaudymo pistoleto sekos sudarymas priklauso nuo vieno pagrindinio žingsnio.

Be to, kitas skirtumas tarp hierarchinio ir viso genomo karabino sekos nustatymo yra tas, kad viso geno karabino sekos skiriamoji geba yra didesnė, palyginti su hierarchine šautuvo sekos tvarka..

Žemiau pateiktoje infografijoje apibendrinamas skirtumas tarp hierarchinio ir viso genomo karabinų sekos.

Santrauka - Hierarchinė ir viso genomo karabino sekos

Hierarchinė ir viso genomo ginklų sekos nustatymas yra du būdai, kaip sekti didelius genomus. Hierarchinė šautuvo seka yra dviejų žingsnių sekos procesas, kai genomas yra suskaidomas į didesnius fragmentus. Priešingai, viso genomo karabino sekos yra vieno žingsnio sekos, kai genomas yra suskaidomas į mažus fragmentus ir tiesiogiai seka. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp hierarchinės ir viso genomo kulkosvaidžių sekos. Be to, techniniai aspektai gali skirtis tarp dviejų metodų.

Nuoroda:

1. Waterston, Robert H ir kt. „Dėl žmogaus genomo sekvenavimo“. Jungtinių Amerikos Valstijų nacionalinės mokslų akademijos leidiniai, Nacionalinė mokslų akademija, 2002 m. Kovo 19 d., Galima rasti čia.
2. Pal, Shitalis. „Genomo sekvenavimas“. „LinkedIn SlideShare“, 2014 m. Lapkričio 4 d., Galima rasti čia.

Vaizdo mandagumas:

1. „Viso genomo karabinų sekos nustatymas palyginti su hierarchinėmis šautuvų sekomis“, pateikė Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Kompiuterinės biologijos metodai ir jų taikymas vabzdžių endoceliulinių simbiotinių bakterijų lyginamosioms genomikoms“. Biol. Procedūros internete (2009 m.). Prieinama per „SpringerImages“ (CC BY-SA 2.5) per „Commons Wikimedia“