Skirtumas tarp PGR pradmenų ir sekvencinių pradmenų
Share
Pagrindinis skirtumas - PGR pradmenys vs Sekavimas Gruntai
Atsižvelgiant į naujausius pokyčius molekulinės biologijos srityje, buvo sukurtos skirtingos genetinės metodikos, kurios palengvino ir tikslią tiria skirtingus tiriamojo būdus. PGR ir kitos sekos nustatymo procedūros yra dvi svarbios tokios metodikos. Jie naudoja skirtingus komponentus. Gruntai yra laikomi svarbiausiu subkomponentu, būdingu tiek PGR, tiek sekos metodams. PGR pradmenys yra naudojami tam tikros DNR sekos amplifikacijai, kol sekvivalentiški pradmenys yra naudojami DNR fragmento sekos sudarymo kontekste siekiant atskleisti specifinę jo nukleotidų sekos tvarką. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp PGR pradmenų ir sekvenavimo pradmenų.
TURINYS
1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra PGR pradmenys
3. Kas yra sekvenavimo pradmenys
4. PGR pradmenų ir sekvencinių pradmenų panašumai
5. Šalutinis palyginimas - PGR pradmenys prieš sekos pradmenis lentelės pavidalu
6. Santrauka
Kas yra PGR pradmenys?
Polimerazės grandininė reakcija (PGR) yra genetinė technika, naudojama molekulinės biologijos srityje tam, kad būtų galima amplifikuoti vieną ar kelias tam tikro DNR segmento kopijas ir gauti daugybę milijonų tapačių kopijų. PGR reakcijoje naudojami skirtingi komponentai, įskaitant pradmenis. Pradmenys yra trumpos DNR grandinės, kurių nukleotido ilgis yra 18-25, todėl jos yra suderinamos su amplifikuojamų DNR fragmentų pradžios ir pabaigos sritimis. Gruntas gali būti priekinis ir atvirkštinis gruntas. Šie pradmenys jungiasi prie DNR fragmento tam tikruose taškuose, kur dėl to DNR polimerazė jungiasi prie specifinio pradmens ir inicijuoja naujos DNR grandinės sintezę..
Pradmenų parinkimas yra svarbus PGR proceso aspektas. Svarbu parinkti grunto ilgį. Idealus ilgis būtų 18–25 nukleotidai. Jei ilgis yra per trumpas arba per ilgas, pradmenys neprisijungs prie tiksliai amplifikuojamos DNR sekos. Pradmenys, kurie yra per trumpi, sukelia nespecifinį pradmens atkaitinimą skirtingose DNR sekos vietose.
01 paveikslas: PGR pradmenys
Guanino ir citozino (GC) kiekis gerame grunte turėtų būti 40–60. Grunto atkaitinimo temperatūra ir lydymosi temperatūra yra gyvybiškai svarbūs PGR metu. Lydymosi temperatūra turi būti tiksliai apskaičiuota, o grunto atkaitinimo temperatūra turėtų būti 5 0C žemesnė nei lydymosi temperatūra. Lydymosi temperatūra turėtų būti 60 ° C ir 75 ° C. Dėl per aukštos ar per žemos temperatūros DNR polimerazės aktyvumas bus mažesnis.
Kas yra sekvenavimo pradmenys?
Sekvenciniai pradmenys yra naudojami DNR fragmento sekos sudarymo kontekste, siekiant atskleisti specifinę jo tapatybę. Norint gauti gerus sekos rezultatus, svarbu naudoti aukštos kokybės pradmenis ir šablonus. Taigi, kai parenkami pradmenys, jie turėtų būti unikalūs tam tikram regionui, kuriame norime sekti. Tai taip pat turėtų būti teisinga orientacija, kai sekos paprastai sukuriamos nuo pradmenų 3 '- 5' galų. Seka neturi trūkti nepageidaujamo savaiminio hibridizacijos, pavyzdžiui, formuoti plaukų segtuko kilpas. Jame neturėtų būti iš eilės formuojamos guanino bazės.
Grunto tirpimo temperatūra (Tm) turi būti tinkama sekos sudarymo sąlygoms. Todėl jis turėtų būti tarp 52oC ir 74oC. Oligonukleotidų, kurie bus naudojami kaip pradmenys, paruošimas turėtų būti išgrynintas, norint gauti norimą sekos ilgį. Jei oligonukleotiduose yra priemaišų, pradinio sekos signalizacija bus dedama iš skirtingų pradmenų vietų, be to, tai sumažins bazinių ląstelių skaičių.
02 paveikslas: Sekvenciniai gruntai
Dėl pradinio oligonukleotido lydymosi temperatūros (Tm) nustatoma, kiek stiprios komplementuojamos DNR grandinės yra hibridizuojamos viena su kita. Tm gali būti laikomas termodinaminiu skaičiavimu, kai jis priklauso nuo abiejų DNR sekų ir keleto sąlygų, tokių kaip druskos koncentracija. Tm yra svarbi PGR metu, kai variantas, vadinamas ciklo sekvenavimu, yra naudojamas dideoksinukleotidų turinčių fragmentų grupei gauti. Tokiu atveju sekvuotas gruntas iš pradžių bus atkaitinamas, vėliau prailginamas ir galiausiai denatūruotas amplifikacijai. Todėl Tm vertė turėtų būti tarp 52oC ir 74o C. Sintetinti oligonukleotidai gali būti gauti iš DNR / RNR sintezės laboratorijų pagal pasirinkimą. Nedidelė sintezės skalė, naudojama DNR sekai nustatyti, paprastai yra 50 nmol. Taip pat svarbiausia, kad pradmenis, naudojamus sekos nustatymui, reikia išgryninti, kad nebūtų priemaišų, kurie užkirs kelią kokybės sumažėjimui.
Kokie yra PGR pradmenų ir sekvencinių pradmenų panašumai?
- Tiek PGR pradmenys, tiek sekvenavimo pradmenys yra pradmenys, naudojami tikslinės DNR sekos amplifikacijos procese.
- Tiek PGR pradmenis, tiek sekvenavimo pradmenis sudaro nukleotidai.
- Tiek PGR pradmenys, tiek sekvenavimo pradmenys yra trumpi oligomerai.
Kuo skiriasi PGR pradmenys ir sekvenavimo pradmenys?
PGR pradmenys prieš sekvenavimo pradmenis | |
| PGR pradmenys yra trumpos DNR grandinės, kurių nukleotidų sekos ilgis yra 18–25, todėl jos yra suderinamos su amplifikuojamų DNR fragmentų pradžios ir pabaigos sritimis.. | Sekvenciniai pradmenys yra trumpi oligomerai, naudojami DNR fragmentui sekuoti, siekiant atskleisti specifinį jo tapatumą. |
| Funkcija | |
| PGR pradmenys naudojami tam tikros DNR sekos amplifikacijai. | Sekvenciniai pradmenys yra naudojami DNR fragmento sekos sudarymo kontekste, siekiant atskleisti specifinę jo tapatybę. |
| Reikalingų gruntų skaičius | |
| Du gruntai; vienas priekinis gruntas ir vienas atvirkštinis pradmuo naudojami kaip PGR pradmenys. | Reikia tik vieno grunto kaip sekvenavimo grunto. |
Santrauka - PGR pradmenys prieš Sekavimas Gruntai
Sekvenciniai pradmenys yra naudojami DNR fragmento sekos sudarymo kontekste, siekiant atskleisti specifinę jo tapatybę. Proceso vykdymui pakaks vieno sekvenavimo grunto. Norint gauti gerus sekos rezultatus, svarbu naudoti aukštos kokybės pradmenis ir šablonus. Taigi, kai parenkami pradmenys, jie turėtų būti unikalūs tam tikram regionui, kuriame norime sekti. PGR pradmenys yra trumpos DNR grandinės, kurių nukleotido ilgis yra 18-25, suderinamas su amplifikuojamų DNR fragmentų pradžios ir pabaigos sritimis. PGR pradmenys gali būti pradinis ir atvirkštinis pradmenys. Guanino ir citozino (GC) kiekis gerame grunte turėtų būti 40–60. Grunto atkaitinimo temperatūra ir lydymosi temperatūra yra gyvybiškai svarbūs PGR metu. Tai yra skirtumas tarp PGR pradmenų ir sekvenavimo pradmenų.
Nuoroda:
1. „Polimerazės grandininė reakcija (PGR).“ Khano akademija. Galima rasti čia
2. „Gruntų sekvenavimas ir grunto dizainas“. Sekvenciniai gruntai ir grunto dizainas Pagrindinės universiteto DNR paslaugos | Kalgario universitetas. Galima rasti čia
Vaizdo mandagumas:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Nuosavas darbas (CC BY-SA 3.0) per „Commons Wikimedia“
2. „DNA Sequencin 3“ žymėjimo būdai “Abybaras (originalus įkėlėjas) angliškoje Vikipedijoje - perdavė Gustavocarra., (Viešas domenas) per„ Commons Wikimedia “
