Skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir „Oligo dT“

pagrindinis skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT yra tai atsitiktinis pradmuo yra visų įmanomų heksametrų oligonukleotidų sekų mišinys, o oligo dT pradmenis sudaro viengrandis 12-18 deoksitimidinų ruožas.

Atvirkštinė transkripcija yra mechanizmas, kurio metu cDNR gali būti sintetinta naudojant mRNR arba bet kurias RNR rūšis. Norint gaminti cDNR, turėtų būti numatytas atvirkštinės transkriptazės fermentas ir kiti būtini komponentai, ypač šablonas ir pradmenys. Pradmenys yra trumpos DNR sekos, specialiai sukurtos tikslinių sekų amplifikacijai. Atsitiktiniai pradmenys ir oligo dT pradmenys yra du paplitę pradmenų tipai, naudojami atvirkštinėje transkripcijoje. Todėl atsitiktinis pradmuo arba oligo dT pradmuo yra trumpos DNR oligonukleotidų sekos, reikalingos atvirkštinei transkriptazei inicijuoti atvirkštinę transkripciją. Priklausomai nuo RNR šablono, iš šių dviejų pradmenų tipų galima pasirinkti tinkamą pradmenį.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra atsitiktiniai pradmenys 
3. Kas yra Oligo dT
4. Atsitiktinių pradmenų ir „Oligo dT“ panašumai
5. Šalutinis palyginimas - atsitiktiniai pradmenys vs „Oligo dT“ lentelės pavidalu
6. Santrauka

Kas yra atsitiktiniai pradmenys?

Atsitiktinis pradmuo yra oligonukleotidų mišinys, atspindintis visas įmanomas heksamero sekas. Atsitiktinio pradmens pradinė seka yra 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T arba C. Todėl atsitiktiniai pradmenys gali būti naudojami viengrandinei DNR ar RNR amplifikuoti DNR polimerazės arba atvirkštinės transkriptazės būdu, atitinkamai. Be to, atsitiktinis pradmenų mišinys gali amplifikuoti visus RNR regionus, kad sukurtų cDNR. Taigi, ji gamina įvairaus ilgio cDNR.

01 paveikslas: Atsitiktiniai gruntai

Svarbiausia, kad atsitiktinis pradmenų mišinys neparodo šablono specifiškumo. Jis negali atskirti mRNR ir kitų RNR rūšių. Ir jis atkaitina bet kurias mėginio RNR rūšis. Tačiau atsitiktinis pradmenų mišinys yra tinkamas atvirkštiniam RNR transkripcijai be poli (A) uodegų, tokių kaip rRNR, tRNR, nekoduojančių RNR, mažų RNR, prokariotinių mRNR ir kt., Suskaidytos RNR ir RNR su žinomomis antrinėmis struktūromis..

Kas yra Oligo dT?

„Oligo dT“ gruntas yra 12–18 deoksietitimino (dT) ruožas. Grunto seką galima pavaizduoti kaip 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Jis naudojamas cDNR iš mRNR, turinčio poli (A) uodegą, gaminti. Iš esmės jis veikia kaip reakcijos, katalizuojamos atvirkštinės transkriptazės, pradmuo. Atvirkštinės transkripcijos metu oligo dT gruntas atkaitinamas su poliadenilinuota uodega, esančia daugumos eukariotinių mRNR 3 'gale, ir pradeda procesą..

02 pav. Atbulinė transkripcija naudojant „Oligo dT Primer“

Skirtingai nuo atsitiktinio pradmens, oligo dT pradmuo netinka suskaidytoms RNR ar RNR, kurioms trūksta poli (A) uodegų, įskaitant prokariotinę RNR ir mikroRNR.

Kokie yra atsitiktinių pradmenų ir „Oligo dT“ panašumai?

• Atsitiktinis pradmuo ir oligo dT pradmuo yra dviejų tipų pradmenys, naudojami atvirkštinėje transkripcijoje ir sudarant cDNR..
• Naudojant atsitiktinį pradmenį ir oligo dT pradmenis kartu padidinamas cDNR sintezės jautrumas.
• Jie yra vienos grandinės trumpų nukleotidų sekos.

Kuo skiriasi atsitiktiniai pradmenys ir „Oligo dT“?

Atsitiktinis pradmuo yra trumpa oligonukleotidų seka, sudaryta iš atsitiktinės sekos. Tuo tarpu oligo dT gruntas yra trumpa gija, susidedanti iš 12-18 deoksitimidinų. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT. Atsitiktinio pradmens seka yra 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T arba C. kadangi oligo dT pradmens seka yra 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Todėl galime tai vertinti kaip dar vieną skirtumą tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT.

Be to, atsitiktiniai pradmenys nepasižymi šablonų specifiškumu ir yra atkaitinti su bet kuriomis RNR rūšimis, o oligo dT pradmenys pasižymi specifiškumu eukariotinės mRNR poli (A) uodegoms..

Žemiau pateiktoje infografijoje apibendrinamas skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT.

Santrauka - Atsitiktiniai pradmenys prieš Oligo dT

Atsitiktinis gruntas ir oligo dT pradmuo yra dviejų tipų pradmenys, naudojami cDNR sintezei. Atsitiktinį pradmenį sudaro oligonukleotidų mišinys, atspindintis visas įmanomas heksamerų sekas, o oligo dT pradmuo - viengrandis seka nuo 12 iki 18 deoksitimidinų. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT. Be to, oligo dT pradmenys yra naudingi atliekant viso ilgio atvirkštinę RNR transkripciją su poli (A) uodega, tuo tarpu atsitiktiniai pradmenys yra naudingi daugumos RNR rūšių, įskaitant suskaidytą RNR, RNR, kuriai trūksta poli (A) uodegų, ir RNR, turinčių atvirkštinę transkripciją. antrinės struktūros. Todėl atsitiktinis pradmuo neparodo šablono specifiškumo, o oligo dT pradmuo rodo specifiškumą eukariotų mRNR, turinčio poli (A) uodegą.

Nuoroda:

1. „Atvirkštinės transkripcijos sąranka:„ Thermo Fisher Scientific “, JAV.“ Atvirkštinės transkripcijos sąranka | „Thermo Fisher Scientific“ - JAV, galima rasti čia.

Vaizdo mandagumas:

1. Zephyris „Primers RevComp“ - Nuosavas darbas (CC BY-SA 3.0) per „Commons Wikimedia“
2. „RT PCR modelis“, autorius Lokeshthimmana - Nuosavas darbas (CC BY-SA 4.0) per „Commons Wikimedia“