Skirtumas tarp šaudymo pistoleto sekos ir naujos kartos sekos

pagrindinis skirtumas tarp šautuvo sekos ir naujos kartos sekos sudarymo yra tas šaudymo iš sekos tyrimas yra sekos sudarymo metodas, kuris atsitiktine tvarka suskaido DNR sekas į daugybę mažų fragmentų ir iš naujo surenka seką stebėdamas persidengiančius regionus, o kitos naujos kartos sekvenavimas (NGS) yra pažangiausias genetinės sekos nustatymo metodas, kuris priklauso nuo kapiliarų elektroforezės..

Sekavimas yra procesas, kuris nulemia tikslią nukleotidų tvarką gene, genų sankaupą, chromosomą ir visą genomą. Genomų tyrimuose, teismo medicinos tyrimuose, virusologijoje, biologinėje sisteminėje, medicininėje diagnozėje, biotechnologijose ir daugelyje kitų sričių labai svarbu analizuoti genų struktūrą ir funkcijas bei identifikuoti organizmus. Be to, yra įvairių tipų sekų sudarymo būdų. Šautuvo sekos ir naujos kartos sekos yra du pažangūs metodai.

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra šautuvo sekos nustatymas 
3. Kas yra naujos kartos sekos
4. Panaudos tarp šaudymo pistoleto sekos ir naujos kartos sekos
5. Šalutinis palyginimas - šaudymo pistoleto sekos palyginimas su naujos kartos lentelių forma
6. Santrauka

Kas yra kulkosvaidžių sekos?

Šautuvo sekos nustatymas yra sekos sudarymo metodas, kurio metu atsitiktinai suskaidomos visos chromosomos arba viso genomo DNR sekos į daugybę mažų fragmentų ir kompiuteriai iš naujo surenka sekas, stebėdami sutampančias sekas ar sritis. Paprastai žinduolių genomai yra struktūriškai sudėtingi ir didesnio dydžio. Taigi juos sunku sekti klonuojant, nes tam reikia daug laiko. Šaudymo iš pistoleto seka yra greitesnis metodas. Taip pat pigiau vykdyti. Todėl šiuolaikiniai mokslininkai, norėdami įveikti sudėtingus genomus, pasikliauja šautuvo sekos nustatymo metodu.

01 pav. Šautuvo sekos nustatymas

Šaudymo iš pistoleto sekos sudarymo procedūra yra palyginti paprasta. Tai pradedama fragmentuojant visą genomą į įvairius dydžius: nuo 20 kilogramų bazių iki 300 kilogramų bazių. Tada kiekvienas fragmentas turėtų būti sekamas naudojant grandinės nutraukimo metodą. Atlikus seką, reikia surinkti fragmentus, pažvelgus į sutampančius regionus, naudojant sudėtingą kompiuterinę programinę įrangą. Įprastinis sekų žemėlapis ir klonavimas šiam metodui nebūtini. Be to, taikant šį metodą genetinis žemėlapis nenaudojamas. Tačiau, kadangi nenaudojami esami genomo žemėlapiai, klaidų surinkimo metu labiau tikėtina. Tai yra vienas iš pagrindinių šio metodo trūkumų. Be to, trumpesni fragmentai suteikia mažiau unikalios informacijos apie kiekvieną šio metodo skaitymą. Be to, šaudymo iš sekos metu negaunama pakankamai duomenų, kad būtų galima pasiekti sutarimo seką reikiamu tikslumo lygiu.

Nepaisant aukščiau paminėtų trūkumų, šautuvo sekos nustatymo metodas šiuo metu yra efektyviausias ir ekonomiškiausias būdas nustatyti mikrobų genomus, įskaitant bakterijas, virusus ir mieles. Taip yra todėl, kad jų genomuose nėra pasikartojančių sričių, kurias sunku sekti, ir šiuos genomus įmanoma lengvai surinkti į chromosomas be klaidų.

Kas yra naujos kartos sekos?

„Next Generation Sequencing“ (NGS) yra terminas, naudojamas žymėti šiuolaikinius didelio pralaidumo sekos nustatymo procesus. Jis apibūdina daugybę skirtingų šiuolaikinių sekų sudarymo technologijų, kurios sukėlė revoliuciją genomo tyrimams ir molekulinei biologijai. Šie būdai apima iliuminacijų sekos nustatymą, Roche 454 sekos nustatymą, jonų protonų sekos nustatymą ir SOLiD (sekvencija pagal Oligo Ligation Detection) seką. NGS sistemos yra greitesnės ir pigesnės. NGS sistemose naudojami keturi pagrindiniai DNR sekos nustatymo metodai: pirosekvinimas, sekos sinteze, sekos jungimas ir jonų puslaidininkių sekos. NGS gali lygiagrečiai sekti daugybę DNR ar RNR grandinių (milijonai). Tai leidžia per trumpą laiką nustatyti viso organizmo genomo seką.

02 pav. Kitos kartos sekos

NGS turi įvairių pranašumų. Tai greitas, tikslesnis ir ekonomiškesnis procesas, kurį galima atlikti su mažu imties dydžiu. Taigi tai leidžia analizuoti visą žmogaus genomą viename sekos eksperimente. Be to, NGS gali būti naudojamas metagenominiuose tyrimuose, nustatant individualių genomų variacijas dėl įterpimų ir delecijų ir pan. Bei analizuojant genų ekspresijas. Be to, NGS vienu metu gali analizuoti ištisus daugelio audinių transkriptus. Taigi NGS sukėlė transkriptų analizę.

Kokie yra šautuvo sekos ir naujos kartos sekos panašumai?

• Šautuvo sekos nustatymas ir naujos kartos sekos nustatymas yra du genomo sekos nustatymo metodai.
• Abu metodai yra greiti.
• Be to, jie yra ekonomiški metodai.
• Jie sugeba daugybę DNR fragmentų sekti lygiagrečiai.

Kuo skiriasi šaudymo pistoleto sekos ir naujos kartos sekos?

Šaudymo pistoleto sekos nustatymas ir naujos kartos sekos nustatymas yra du pažangūs sekos sudarymo būdai. Šautuvo sekos nustatymo metodas atsitiktine tvarka suskaido visos chromosomos arba viso genomo DNR sekas į daugybę mažų fragmentų ir kompiuteriais perrenka sekas, stebėdamas sutampančias sekas ar sritis. Priešingai, naujos kartos sekvenavimas (NGS) yra terminas, nurodantis šiuolaikinius didelės spartos sekos sudarymo procesus. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp šautuvų sekos ir naujos kartos sekos. Be to, naujos kartos sekos nustatymas yra metodas, kuris priklauso nuo kapiliarų elektroforezės, tuo tarpu kulkoskopų sekos nustatymas nepriklauso. Todėl tai taip pat skiriasi šaudymo iš sekos ir sekančios kartos sekos nustatymu. Be to, palyginti su šaudymo pistoletu sekos, naujos kartos sekos yra labai jautrios ir labai tikslios .

Santrauka - šaudymo pistoleto sekos palyginimas su naujos kartos sekos sudarymu

Šautuvo sekos nustatymas ir naujos kartos sekos nustatymas yra du sekos nustatymo metodai, naudojami genomo sekose. Abu metodai yra greiti ir ekonomiški. NGS veikia tuo, kad per sekavimo sistemą vienu metu gali greitai sekti milijonus sekų. Priešingai, šaunamųjų ginklų seka reikalauja genomų suskaidymo į mažus fragmentus ir sekos sudarymo bei surinkimo naudojant sutampančias sekas. Taigi, tai apibendrina skirtumą tarp šautuvo sekos ir naujos kartos sekos.

Nuoroda:

1. „Kompleksiniai genomai: šaudymo iš šautuvų sekvenavimas“, Gamtos naujienos, Gamtos leidybos grupė, čia.
2. Behjati, Sam ir Patrick S Tarpey. „Kas yra sekančios kartos sekos?“ Ligos vaikystėje archyvai. Švietimo ir praktikos leidimas, BMJ leidybos grupė, 2013 m. Gruodis, galima rasti čia.

Vaizdo mandagumas:

1. „Viso genomo karabinų sekos nustatymas palyginti su hierarchinėmis šautuvų sekomis“, pateikė Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Kompiuterinės biologijos metodai ir jų taikymas vabzdžių endoceliulinių simbiotinių bakterijų lyginamosioms genomikoms“. Biol. Procedūros internete (2009 m.). Prieinama per „SpringerImages“ (CC BY-SA 2.5) per „Commons Wikimedia“
2. „HiSeq 2000“, autorius RE73 - Savo darbas (CC BY-SA 3.0) per „Commons Wikimedia“