SYBR Green ir Taqman skirtumai

Pagrindinis skirtumas - SYBR Green vs Taqman
 

„SYBR Green“ ir „Taqman“ yra du metodai, naudojami realiojo laiko PGR amplifikacijos procesui aptikti ar stebėti. SYBR Green yra metodas, pagrįstas nukleorūgščių dažymo dažais, o Taqman - hidrolizės zondo pagrindu. Abi technologijos yra sukurtos fluorescencijai generuoti PGR metu, o tai leidžia realaus laiko PGR aparatui stebėti reakciją „realiuoju laiku“. SYBR Green metodas atliekamas naudojant fluorescencinius dažus, vadinamus SYBR green, ir aptinkama amplifikacija, rišant dažus prie pagamintos dvigubos grandinės DNR. „Taqman“ atliekamas naudojant dvigubai paženklintus zondus ir nustato amplifikaciją, suskaidydamas zondą Taq polimeraze, ir atpalaiduoja fluoroforą.. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp SYBR Green ir Taqman.

TURINYS
1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra SYBR Green
3. Kas yra „Taqman“
4. Šalutinis palyginimas - „SYBR Green“ palyginti su „Taqman“
5. Santrauka

Kas yra SYBR Green?

SYBR Green yra fluorescenciniai dažai, naudojami dažyti nukleorūgštis, ypač dvigubos grandinės DNR molekulinės biologijos srityje. SYBR žaliasis metodas naudojamas norint nustatyti PGR produktus realiojo laiko PGR metu. Susijungęs su DNR, gautas DNR dažų kompleksas sugeria mėlyną šviesą ir skleidžia intensyvią žalią šviesą. Tai atsitinka dėl struktūrinių pokyčių, kurie įvyksta dažų molekulėje, jungiantis su dviguba grandine DNR. Kai PGR sukuria vis daugiau DNR, daugiau dažų molekulių jungiasi su DNR ir sukuria daugiau fluorescencijos. Todėl, kaupiantis PGR produktui, fluorescencija didėja. Taigi PGR produkto kiekį galima kiekybiškai išmatuoti nustatant SYBR žaliosios fluorescencijos aptikimą.

SYBR žalieji dažai taip pat gali būti naudojami DNR žymėjimui citometrijoje ir fluorescencinėje mikroskopijoje. Etidžio bromidą sėkmingai pakeitė SYBR Green, nes etiidio bromidas yra kancerogeninis dažiklis, turintis šalinimo problemų atliekant DNR vizualizaciją gelio elektroforezės metu..

Yra SYBR žaliojo metodo pranašumai ir trūkumai. Šis metodas yra labai jautrus, nebrangus ir lengvai naudojamas. Tačiau dėl savo sugebėjimo prisijungti prie bet kurios dvigubos grandinės DNR, nespecifinis prisijungimas gali lemti per didelį PGR produkto kiekybinį nustatymą.

01 paveikslas: SYBR žalioji technika

Kas yra Taqmanas?

„Taqman“ yra alternatyvus „SYBR Green“ metodas, norint stebėti realaus laiko PGR procesą. Šis metodas priklauso nuo Taq polimerazės fermento 5 '- 3' eksonukleazės aktyvumo, siekiant suskaidyti zondus, praplečiant naują grandinę ir išskiriant fluoroforą. Šiame metode naudojami dvigubai pažymėti zondai, kurie yra pagrįsti zondo hidrolize. Zondai yra fluorescenciškai pažymėti DNR oligonukleotidai, kurių 5 'gale yra fluorescencinė reporterio molekulė (fluoroforas), o 3' gale - gesinimo molekulė. Jie sukurti taip, kad surištų prie vienos juostos šablono priešingoje grunto atkaitinimo pusėje. Taq polimerazė prideda nukleotidus prie pradmens ir praplečia naują sruogą link dvigubai pažymėtų zondų. Kai Taq polimerazė susitinka su zondu, Taq polimerazės eksonukleazinis veikimas suaktyvina ir ardo zondą. Baigęs naujos grandinės sintezę, zondas visiškai suskaidomas ir išlaisvinamas fluoroforas. Fluoroforo išsiskyrimas sukuria fluorescenciją. Fluorescencinė „Quencher“ molekulė efektyviai užgesina skleidžiamą šviesą ir sukuria išeitį PGR produkto kiekybiniam įvertinimui. Fluoroforų išsiskyrimas ir PGR produktų kiekis yra proporcingi. Taigi kiekybiškai įvertinti galima lengvai naudojant Taqman metodą.

02 paveikslas: Taqman metodas

Taqman metodas naudojamas realiojo laiko PGR, genų ekspresijos kiekybiniam nustatymui, genetinių polimorfizmų nustatymui, chromosomų DNR delecijų kiekybiniam nustatymui, bakterijų identifikavimui, mikrotraumos analizės patikrinimui, SNP genotipo nustatymui ir kt..

Kuo skiriasi „SYBR green“ ir „Taqman“?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green yra pagrįstas DNR rišančiais dažais.	Taqman priklauso nuo hibridizacijos zondų ir Taq polimerazės 5 '- 3' eksonukleazės aktyvumo.
Fluorescenciškai pažymėti zondai
Nereikia jokių fluorescenciškai pažymėtų zondų.	Reikia dviejų ženklų zondų.
Multipleksinė genų analizė
Jis negali būti naudojamas daugkartiniams genų taikiniams.	Jis gali būti naudojamas daugkartiniams genų taikiniams.
Kaina
Tai yra pigiau.	Tai yra brangiau.
Specifiškumas
Tai yra mažiau specifiška ir jungiasi su bet kokia dviguba grandine DNR	Tai yra labai specifiniai, nes zondai nustato specifinius amplifikacijos produktus.
Efektyvumas
Tai ne tokia efektyvu.	Tai labai efektyvu.
Taikymas
Tai naudojama atliekant realaus laiko PGR, vizualizuojant agarozės gelį, ženklinant DNR ir kt.	Tai naudojama realiojo laiko PGR, genų raiškos kiekybiniam įvertinimui, genetinių polimorfizmų nustatymui ir kt.

Santrauka - SYBR Green ir Taqman

Taqman ir SYBR green yra du metodai, naudojami realiojo laiko PGR (kiekybinė PGR). Abu metodai leidžia veiksmingai įvertinti PGR produktą ir priklauso nuo fluorescencijos emisijos. Taqman metodas naudoja dvigubai paženklintus zondus sukauptai DNR nustatyti, o SYBR Green metodas naudoja fluorescencinius dažus. Abu šie metodai taip pat skirtingai pritaikomi molekulinėje biologijoje.

Nuoroda:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour ir Shaghayegh Haghjooy Javanmard. „SYBR Green ir TaqMan metodų palyginimas atliekant kiekybinę realaus laiko polimerazės grandininės reakcijos analizę keturiems adenozino receptorių potipiams“. Pažangūs biomedicinos tyrimai. „Medknow Publications & Media Pvt Ltd“, 2014. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 13 d.
2. „Pagrindiniai realaus laiko PGR principai“. Realiojo laiko PGR, kiekybiniai (qPCR), gruntai ir „Mastermix“: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 13 d.
3. „SYBR Green“ ir kiti realaus laiko PGR dažai. “ Biocompare. N.p., 2010 m. Balandžio 5 d. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 14 d

Vaizdo mandagumas:
1. „PCR su SYBR žalia“ - Autorius: -Ygonaar, 2006 m. Kovo 7 d. 23:09 (UTC) - Tai grafikas, kurį Ygonaar sukūrė su „Power point“, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. Vartotojo „Taqman“: Braindamaged - savo kūrinys (viešas domenas) per „Commons Wikimedia“