Skirtumas tarp viso genomo sekos ir egzomo sekos

pagrindinis skirtumas tarp viso genomo ir egzomo sekos sudarymo yra tai, kad viso geno seka seka visą organizmo genomą, tuo tarpu egzomo seka seka tik organizmo egzomą arba baltymus koduojančius genus.

Sekavimas yra metodas, kuriuo nustatoma tiksli nukleotidų tvarka tam tikroje DNR molekulėje. Tai tik atspindi teisingą keturių pagrindų tvarką; adenino (A), guanino (G), citozino (C) ir timino (T) DNR fragmente. Yra keletas sekos sudarymo būdų, tokių kaip Sanger sekos, sekančios kartos sekos ir kt. Be to, sekos gali būti atliekamas visas organizmo genomas (viso genomo sekos nustatymas) arba tik baltymą koduojantys genai genome (egzomo sekos nustatymas)..

TURINYS

1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra viso geno seka
3. Kas yra egzomo sekvenavimas?
4. Viso genomo sekos ir egzomo sekos panašumai
5. Šalutinis palyginimas - viso genomo sekos palyginimas su egzomų sekos lentelės forma
6. Santrauka

Kas yra viso genomo sekos nustatymas?

Žmogaus genome yra beveik trys milijardai bazinių porų DNR. Viso genomo sekos nustatymas yra metodas, kuriuo seka visas organizmo genomas. Todėl atliekant viso genomo sekos sudarymą, reikia atsižvelgti į visą DNR molekulių kolekciją, įskaitant egzomus, intronus, tarpgeninius tarpus ir tt Be to, visa genomo seka seka ne tik branduolio viduje esantį genomą, bet ir mitochondrijų DNR..

01 paveikslas. Viso genomo sekos nustatymas

Ruošiantis šiai sekai, pirmiausia reikia išgauti visą DNR. Tada ekstrahuota DNR atliekama sekos nustatymo procedūra, naudojant tinkamą sekos nustatymo metodą. Analizuodami gautas sekas, naudodamiesi bioinformatikos priemone, galime sužinoti retas ligas, vėžį, infekcines ligas ir kt..

Kas yra egzomo sekvenavimas?

Exome yra genomo dalis, kurioje yra apie 1,5% genomo, ir tai yra egzonų kolekcija. Egzonai yra sekos, kurios transkribuojamos į mRNR, o po to į galutinį baltymo produktą. Taigi egzomo seka seka visas baltymą koduojančias sekas genome. Egzamino seka atskleidžia genetinius sutrikimus, nes dauguma genetinių sutrikimų atsiranda dėl baltymus koduojančių genų mutacijų. Taigi, diagnozuodami genetinius sutrikimus, ligos diagnozavimo metodu dažnai naudojamas egzomos seka. Be to, lyginant su viso genomo sekos nustatymo programa genetiniams tyrimams, egzomo sekos nustatymas užima mažiau laiko ir yra pigesnis..

02 paveikslas: Egzamino seka

Pirmiausia atliekant egzomų seką, iš visos DNR reikia pasirinkti tik baltymus koduojančias sekas. Atminkite, kad žmonės turi apie 180000 baltymus koduojančių sekų. Tada egzomas yra sekamas naudojant didelio pralaidumo sekos sudarymo metodą.

Kokie yra viso genomo sekos sekos ir egzomo sekos sekimo panašumai?

• Viso genomo seka ir egzomo seka yra dvi sekos taikymo programos.
• Abu metodai yra naudingi nustatant teisingą nukleotidų sekos tvarką abiem būdais.
• Bioinformatika taip pat padeda analizuoti duomenis.

Kuo skiriasi viso genomo sekos nustatymas nuo egzomo sekos??

Visa geno seka seka visą organizmo genomo DNR, tuo tarpu egzomo seka seka tik baltymus koduojančias sekas iš genomo. Todėl tai yra esminis skirtumas tarp viso genomo ir egzomo sekos. Be to, nors abu metodai yra plačiai naudojami nustatant teisingą nukleotidų sekos tvarką, viso genomo sekos nustatymas yra brangus ir reikalauja daug laiko nei egzomo sekos nustatymas..

Žemiau esančioje infografijoje pateiktas skirtumas tarp viso genomo ir egzomo sekos.

Santrauka - viso geno sekvenavimas palyginti su egzomo sekvenavimu

Sekavimas atskleidžia tikslią bazių seką DNR fragmente ir tai gali būti viso genomo sekos arba egzomo sekos. Čia visa genomo sekos seka visą organizmo genomą, tuo tarpu egzomo sekos seka tik baltymą koduojančias sekas genome. Atsižvelgiant į jų pritaikymą, viso genomo sekos nustatymas yra naudingas analizuojant viso genomo genetinius nukrypimus, tokius kaip vieno nukleotido variacijos, delecijos, įterpimai ir kt., Tuo tarpu egzomo sekos nustatymas yra naudingas nustatant genetines ligas. Taigi tai yra skirtumas tarp viso genomo ir egzomo sekos.

Nuoroda:

1. „Viso geno ir viso egzomo sekvenavimas palyginti su tikslinėmis sekvenavimo plokštėmis“. „Healio“, „SLACK Incorporated“. Galima rasti čia  
2. „Kas yra viso egzomo sekvenavimas ir viso genomo sekvenavimas? - „Genetics Home Reference“ - NIH. “ JAV Nacionalinė medicinos biblioteka, Nacionaliniai sveikatos institutai. Galima rasti čia  

Vaizdo mandagumas:

1. „Viso genomo karabinų sekos nustatymas palyginti su hierarchinėmis šautuvų sekomis“, pateikė Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Kompiuterinės biologijos metodai ir jų taikymas vabzdžių endoceliulinių simbiotinių bakterijų lyginamosioms genomikoms“. (CC BY-SA 2.5) per „Commons Wikimedia“  
2. „Exome Sequencing Work 1a“, autorius SarahKusala - Savas darbas, (CC BY 3.0) per „Commons Wikimedia“