Skirtumas tarp AFLP ir RFLP

Pagrindinis skirtumas - AFLP vs RFLP
 

DNR tyrimai turi didžiulę reikšmę suprantant ir nustatant filogenetinius ryšius, diagnozuojant genetines ligas ir kartojant organizmo genomus. Tam tikri genai arba DNR seka identifikavimui nežinomų DNR telkinyje taip pat naudojami keli su DNR analize susiję metodai. Jie yra žinomi kaip molekuliniai žymekliai. Palengvinto fragmento ilgio polimorfizmas (AFLP) ir Apribojimo fragmento ilgio polimorfizmas (RFLP) yra du tokie molekuliniai žymenys (metodai), sukurti molekulinėje biologijoje genetiniams organizmų pokyčiams nustatyti. Abu metodai yra vienodai svarbūs ir turi privalumų bei trūkumų. Pagrindinis skirtumas tarp AFLP ir RFLP yra tas AFLP apima selektyvios suvirškintos DNR amplifikaciją PGR, o RFLP neapima selektyvaus DNR fragmentų PGR amplifikavimo..

TURINYS
1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra AFLP
3. Kas yra RFLP
4. Šalutinis palyginimas - AFLP ir RFLP
5. Santrauka

Kas yra AFLP?

AFLP (amplifikuotos fragmentų ilgio polimorfizmas) yra svarbi priemonė molekulinėje biologijoje ir plačiai naudojama genetinių variacijų analizėje. AFLP grindžiamas specifine suskaidytos genominės DNR amplifikacija PGR ir polimorfizmo nustatymu autoradiografais, naudojant gelinę elektroforezę. AFLP labai padeda identifikuoti įvairių karalysčių kamienų ar artimai susijusių rūšių, įskaitant augalus, gyvūnus, bakterijas ir grybelius, genetinius skirtumus. AFLP galima atlikti su nedideliais kiekiais nežinomų DNR mėginių. Tam nereikia išankstinių žinių apie seką ir zondo projektavimo.

AFLP žingsniai

1. DNR išskyrimas
2. DNR virškinimas restrikcijos endonukleazėmis
3. Apribotų DNR fragmentų sujungimas adapteriais
4. Selektyvus fragmentų amplifikavimas su specifinėmis restrikcijos vietomis
5. PGR produktų atskyrimas gelinio elektroforezės būdu
6. Geelio matricos vizualizacija autoradiografu

AFLP yra jautresnis ir atkuriamas metodas, kuris gali būti naudojamas kelių taksonų, įskaitant grybelius, bakterijas, augalus ir gyvūnus, DNR profiliavimui, iš anksto nežinant apie DNR sekas. Tai padeda nustatyti nedidelius skirtumus tarp individų populiacijose dėl labai jautraus pobūdžio. AFLP taip pat yra svarbus atliekant genomo žemėlapių sudarymą, kriminalistinius tyrimus, tėvų tyrimus, genotipo nustatymą ir kt.

01 paveikslas: AFLP

Kas yra RFLP?

Restrikcijos fragmentų ilgio polimorfizmai (RFLP) yra technika, naudojama homologinių DNR sekų genetiniams pokyčiams nustatyti. Tai yra pirmasis metodas, sukurtas DNR profiliavimui. Organizmai turi unikalius DNR pirštų atspaudus arba DNR profilius. RFLP yra svarbi priemonė analizuoti skirtumus tarp specifiškai specifinių ar artimai susijusių organizmų DNR profilių, nes homologinės sekos turi skirtingas restrikcijos vietas (vietas), būdingas tik tam tikram organizmui. Kai homologinė DNR yra suardoma su specifinėmis restrikcijos endonukleazėmis, susidarys skirtingi DNR profiliai, būdingi tik kiekvienam individui. Todėl pagrindinis šio metodo tikslas yra aptikti genetinius organizmų pokyčius apribojant homologinę DNR specifiniais restrikcijos fermentais ir fragmento ilgio polimorfizmo analizę naudojant gelinę elektroforezę ir blotinimą. Blotinimo būdai yra būdingi kiekvienam organizmui ir apibūdina specifinius genotipus.

RFLP žingsniai

1. Pakankamo DNR kiekio išskyrimas iš mėginių
2. DNR mėginių suskaidymas į specifines restrikcijos endonukleazes į trumpą seką
3. Gautų fragmentų skirtingo ilgio atskyrimas agarozės gelio elektroforeze.
4. Gelio profilio pernešimas į membraną atliekant Southern blotinimą

5. Membranos hibridizavimas pažymėtais zondais ir fragmento ilgio polimorfizmo analizė kiekviename profilyje

RFLP yra labai svarbus būdas nustatyti ligos paveldėjimą ir nustatyti ligos pasireiškimo riziką tarp šeimos narių. RFLP taip pat dažnai naudojamas genomo kartografavimui, identifikuojant nusikaltėlius atliekant teismo ekspertizę, tėvystės tyrimus ir tt. RFLP taip pat turi keletą apribojimų. Norint sukurti hibridizacijos zondus, RFLP reikia išankstinių žinių apie sekos duomenis. Norint analizuoti, taip pat reikia išskirti pakankamą kiekį DNR iš mėginio, o tai sudėtinga atliekant teismo ekspertizę.

01 paveikslas: RRFLP žemėlapis

Kuo skiriasi AFLP ir RFLP?

ALFP ir RFLP
AFLP apima selektyvios suvirškintos DNR amplifikaciją PGR.	RFLP neapima PGR, nebent tai būtų PGR-RFLP.
Sekos pažinimas
Išankstinės sekos žinios nėra būtinos.	Išankstinės sekos žinios reikalingos suprojektuotiems RFLP zondams.
Patikimumas
Tai yra patikimiau.	Tai yra mažiau patikima, palyginti su AFLP.
Efektyvumas nustatant polimorfizmą
Tai turi didesnį efektyvumą nustatant polimorfizmą nei RFLP.	Tai ne tokia efektyvu, palyginti su AFLP.
Kaina
Tai yra šiek tiek brangu, palyginti su RFLP.	Tai yra pigiau, palyginti su AFLP.
Programos
AFLP buvo pritaikytos genomo žemėlapiams, DNR pirštų atspaudams, genetinės įvairovės tyrimams, tėvystės tyrimams ir kriminalistikai	RFLP analizė yra svarbi priemonė genomo kartografavimui, genetinių sutrikimų genų lokalizavimui, ligos rizikos nustatymui ir tėvystės nustatymui..

Santrauka - AFLP vs RFLP

AFLP ir RFLP yra du būdai, naudojami kaip genetiniai žymenys vertinant įvairovę ir vertinant genetinius ryšius molekulinėje biologijoje. AFLP yra veiksmingas ir jautrus būdas nustatyti organizmų genetinį polimorfizmą nei RFLP. Nors abu šie metodai turi skirtingą efektyvumą nustatant genetinius variantus, jie vis tiek naudojami DNR pirštų atspaudams ir ligos diagnozei nustatyti.

Nuoroda:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr Cláudio L. ir Anete P. De Souza. „RAPD, RFLP, AFLP ir SSR žymenų palyginimas atliekant tropinių kukurūzų veisimosi linijų įvairovės tyrimus“. Genetika ir molekulinė biologija. „Sociedade Brasileira de Genética“, 2004. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 19 d
2. „Restrikcijos fragmentų ilgio polimorfizmas (RFLP)“. Nacionalinis biotechnologijų informacijos centras. JAV nacionalinė medicinos biblioteka, n.d. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 19 d
3. Masiga D. K. ir Turner C. M. (2004). „Palengvinto (restrikcinio) fragmento ilgio polimorfizmo (AFLP) analizė“. Metodai Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Žiniatinklis. 2017 m. Kovo 19 d

Vaizdo mandagumas:
1. „ALFP“ pateikė „Barbarossa“ Olandų Vikipedijoje - perkelta iš nl.wikipedia į „Commons“. („Public Domain“) per „Commons Wikimedia“
2. „RFLP žemėlapių sudarymas“, kurį pateikė „Retama“ - savo darbas (GFDL) per „Commons Wikimedia“