Skirtumas tarp RT PGR ir QPCR

Pagrindinis skirtumas - RT PCR vs QPCR
 

Polimerazės grandininė reakcija yra technika, naudojama amplifikuoti specifinę DNR sritį in vitro. Kary Mullis 1983 m. Išrado šią techniką. Mokslininkai gali padaryti tūkstančius milijonų kopijų specifinių DNR fragmentų tyrimų tikslams. Šiuo metu tai tapo įprasta ir įprasta praktika, atliekama klinikinėse ir tyrimų laboratorijose, įvairiausioms reikmėms. Yra įvairių tradicinių PGR metodų, tokių kaip RT PGR, įdėtoji PGR, daugkartinė PGR, Q PGR, RT - QPCR ir kt., RT PGR ir Q PGR yra du svarbūs PGR variantai. Pagrindinis skirtumas tarp RT PCR ir Q PCR yra tas RT PGR naudojama genų ekspresijai aptikti sukuriantpapildoma DNR (cDNR) nuorašai iš RNR kol Q PGR naudojama norint kiekybiškai išmatuoti PGR produktus realiuoju laiku, naudojant fluorescencinius dažus.

TURINYS
1. Apžvalga ir svarbiausias skirtumas
2. Kas yra RT PGR
3. Kas yra QPCR
4. Šalutinis palyginimas - RT PCR ir QPCR
5. Santrauka

Kas yra RT PGR?

Atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininė reakcija (RT PGR) yra PGR variantas, naudojamas RNR ekspresijai nustatyti. Tai labai svarbus būdas nustatyti mRNR raišką audiniuose. RT PGR naudojama, kai pradinė mėginio medžiaga yra RNR. Atliekant RT PGR, šablono mRNR pirmiausia paverčiama papildoma DNR. Šį žingsnį katalizuoja fermento atvirkštinė transkriptazė, o procesas žinomas kaip atvirkštinė transkripcija. Antra, naujai susintetintai cDNR amplifikacijai naudojamas tradicinis PGR.

RT PGR yra labai jautrus metodas, kuriam reikia palyginti nedidelio RNR mėginio kiekio. RT PGR paprastai naudojamas diagnozuojant ir kiekybiškai nustatant RNR rūšis, ypač RNR virusus, tokius kaip žmogaus imunodeficito virusas ir hepatito C virusas..

01 paveikslas: RT PCR technika

Kas yra QPCR?

Kiekybinis PGR (QPCR) yra PGR variantas, naudojamas kiekybiškai išmatuoti PGR produktus. Tai taip pat vadinama realaus laiko polimerazės grandinine reakcija, nes ji matuoja realaus laiko amplifikaciją naudojant realaus laiko PGR aparatą. Tai yra tinkamas metodas mėginyje esančios tikslinės sekos ar geno kiekiui nustatyti. Įdomi QPCR savybė yra tai, kad ji sujungia tiek sustiprinimą, tiek tikrąją kiekybinę vertę į vieną veiksmą. Todėl gelio elektroforezės poreikį aptikiant galima pašalinti naudojant QPCR metodą. PGR produktų žymėjimui QPCR naudoja fluorescencinius dažus, kurie galiausiai lemia tiesioginį kiekybinį įvertinimą. Kai PGR produktai kaupiasi, kaupiasi ir fluorescenciniai signalai, kuriuos matuoja realiojo laiko aparatas. QPCR galima derinti su RT PGR. Jis yra žinomas kaip RT-QPCR arba QRT-PCR ir yra laikomas galingiausiu, jautriausiu ir kiekybiškiausiu būdu nustatyti RNR lygius ląstelėse ar audiniuose..

SYBR Green ir Taqman yra du metodai, naudojami realiojo laiko PGR amplifikacijos procesui aptikti ar stebėti. SYBR Green metodas atliekamas naudojant fluorescencinius dažus, vadinamus SYBR green, ir aptinkama amplifikacija rišant dažus, kad būtų gauta dviguba grandinė DNR. „Taqman“ atliekamas naudojant dvigubai paženklintus zondus ir nustato amplifikaciją, suskaidydamas zondą Taq polimerazės pagalba ir išskirdamas fluoroforą, kaip parodyta 0 pav. Abu metodai stebi amplifikacijos proceso eigą ir praneša produkto kiekį realiuoju laiku..

Realaus laiko PGR gali būti naudojama labai įvairiai: genų ekspresijos kiekybinis nustatymas, mikroRNR ir nekoduojanti RNR analizė, SNP genotipas, kopijų skaičiaus variantų nustatymas, retų mutacijų aptikimas, genetiškai modifikuotų organizmų aptikimas, infekcijos sukėlėjų aptikimas ir kt..

02 paveikslas: Kiekybinis PGR metodas

Kuo skiriasi RT PCR nuo QPCR?

RT PCR vs QPCR
RT PGR yra metodas, naudojamas nustatyti genų ekspresiją amplifikacijos būdu.	QPCR yra metodas, kuris sustiprina DNR ir kiekybiškai nustato PGR produktus realiuoju laiku.
Atvirkštinio transkriptazės fermento dalyvavimas
RT PGR naudojama fermento atvirkštinė transkriptazė.	Fermento atvirkštinė transkriptazė QPCR nenaudojama.
Fluorescenciniu būdu pažymėtų molekulių naudojimas
Fluorescenciniu dažymu žymimi dažai ar zondai RT PGR nenaudojami.	QPCR naudojami fluorescenciniai dažai arba zondai.
PGR produkto kiekybinis įvertinimas
RT PCR neišmatuoja PGR produkto, nebent kartu su QPCR.	QPCR kiekybiškai išmatuoja PGR produktą.
Pradinė medžiaga
Pradinė medžiaga yra mRNR.	Pradinė medžiaga yra DNR.
CDNR sintezė
Papildoma DNR gaminama RT PGR metu.	QPCR metu nepagaminama papildoma DNR.

Santrauka - RT PCR vs QPCR

RT PCR ir QPCR yra dvi tradicinio PGR versijos. Atliekant mRNR mėginius, atliekama RT PGR metodika, kurią lemia atvirkštinė transkripcija ir cDNR gamyba. QPCR naudojamas norint nustatyti PGR produktus realiojo laiko PGR terminių ciklų metu, naudojant fluorescencinius dažus arba paženklintus zondus. QPCR metu PGR produkto kiekį parodo mėginio skleidžiami fluorescenciniai signalai. RT PGR yra populiariai naudojamas kaip amplifikacijos procesas, o QPCR dažniausiai naudojamas kaip kiekybinio įvertinimo procesas. Tai yra skirtumas tarp RT PCR ir QPCR.

Nuorodos:
1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, K. S. Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo ir G. K. Agrawal. „Realiojo laiko PGR: revoliucinga genų aptikimo ir raiškos analizė“. Dabartinė genomika. „Bentham Science Publishers Ltd.“, 2007 m. Birželio mėn. Žiniatinklis. 2017 m. Balandžio 3 d
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh ir Jo Vandesompele. „Tiesioginė ir jautri FFPE mėginių genų ekspresijos analizė, pagrįsta RT-qPCR.“ Gamtos naujienos. Gamtos leidybos grupė, 2016 m. Vasario 22 d. Žiniatinklis. 2017 m. Balandžio 3 d
3. Overbergas, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon ir C. Mathieu. „Realaus laiko atvirkštinės transkriptazės PGR panaudojimas citokinų genų ekspresijos kiekybiniam įvertinimui“. Biomolekulinių metodų žurnalas: JBT. Biomolekulinių išteklių įrenginių asociacija, 2003 m. Kovo mėn. Žiniatinklis. 2017 m. Balandžio 3 d

Vaizdo mandagumas:
1. Vartotojo „Taqman“: Braindamaged - originalaus įkėlėjo („Public Domain“) sukurtas darbas per „Commons Wikimedia“
2. „Atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininė reakcija“, autorius Jpark623 - Nuosavas darbas (CC BY-SA 3.0) per „Commons Wikimedia“